ISSR ( inter simple sequence repeat) 又稱簡單重復序列間擴增,是近年來發展起來的一類新型的分子標記技術。
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ISSR ( inter simple sequence repeat) 又稱簡單重復序列間擴增,是近年來發展起來的一類新型的分子標記技術。該技術根據植物基因組中豐富的簡單重復序列設計單一引物,對基因組DNA進行擴增,利用了RAPD技術的優點和基因組中豐富的SSR序列信息,具有操作簡單、可靠性強、重復性高、DNA模板用量少、不需預先設計引物的特點,可用來揭示樣本間的遺傳多樣性。
1)PCR-ISSR實驗路線
前期確認階段:試驗樣本類型,數量,引物,簽訂試驗合作合同;
試驗費用:DNA提取30元一個樣本,PCR+電泳檢測10元一個反應,分析單獨收費(視工作量而定);23個樣本,10對引物包括引物篩選試驗費用大約4000元。
試驗階段:DNA提取,PCR擴增,電泳檢測
數據分析:和客戶詳細溝通,確認分析方案:讀取01矩陣;聚類分析;多樣性分析;多態位
點數(AP)、多態位點百分率( P)、平均等位基因數(Na)、有效等位基數(Ne)、
Nei′s基因多樣性指數(H)、Shannon′s信息指數(I) 、遺傳分化度(Gst)等。
利用NTSYS進行聚類分析。
2)客戶提供:
★ 基因組DNA:
●濃度為50-100ng/μL;(每個位點用2-3LμL,請根據引物數計算總體積)
●2%瓊脂糖電泳檢測有DNA主帶,沒有降解;
●DNA經過DNA純化試劑盒或磁珠純化;
●DNA需溶解在TE或滅菌的去離子水里;
●DNA溶解后,肉眼看不到雜色;
★ 植物材料: 新鮮組織,葉片采用硅膠干燥后或干冰運輸;
★ 動物材料: 新鮮組織,無水乙醇封存低溫運輸;
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