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SNaPshot法SNP分型
該技術(shù)由美國應(yīng)用生物公司(ABI)開發(fā),是基于熒光標(biāo)記單堿基延伸原理的分型技術(shù),也稱小測序,主要針對中等通量的SNP分型項(xiàng)目。
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一.試驗(yàn)原理

   該技術(shù)由美國應(yīng)用生物公司(ABI)開發(fā),是基于熒光標(biāo)記單堿基延伸原理的分型技術(shù),也稱小測序,主要針對中等通量的SNP分型項(xiàng)目。在一個(gè)含有測序酶、四種熒光標(biāo)記ddNTP、緊臨多態(tài)位點(diǎn)5’-端的不同長度延伸引物和PCR產(chǎn)物模板的反應(yīng)體系中,引物延伸一個(gè)堿基即終止,經(jīng)ABI測序儀檢測后,根據(jù)峰的移動(dòng)位置確定該延伸產(chǎn)物對應(yīng)的SNP位點(diǎn),根據(jù)峰的顏色可得知摻入的堿基種類,從而確定該樣本的基因型。對于PCR產(chǎn)物模板可通過多重PCR反應(yīng)體系來獲得,通常用于10-30個(gè)SNP位點(diǎn)分析。

二.試驗(yàn)流程

  • DNA 提取和質(zhì)檢;
  • 引物設(shè)計(jì)與合成;
  • 擴(kuò)增反應(yīng);
  • 延伸反應(yīng);
  • 測序儀檢測;
  • 數(shù)據(jù)分析。

三.優(yōu)點(diǎn)

    1、通量高,一次反應(yīng)可擴(kuò)增最多10-15個(gè)位點(diǎn);

    2、數(shù)據(jù)完整性高,相對于MassArray高通量分析的時(shí)候經(jīng)常發(fā)生個(gè)別樣本失敗或者個(gè)別位點(diǎn)丟失的情況,MassArra方法丟失的數(shù)據(jù)進(jìn)行補(bǔ)充造價(jià)很高,一般不會(huì)補(bǔ),而該方法可以以較低成本補(bǔ)充實(shí)驗(yàn);

    3、適應(yīng)性強(qiáng),實(shí)驗(yàn)結(jié)果可靠,該方法是ABI公司在10多年前開發(fā)成功的,歷經(jīng)了很多驗(yàn)證,發(fā)表了大量文章。

四.送樣要求:

    1、組織樣本:-20℃或-80℃低溫冰箱中保存,液氮或者干冰運(yùn)輸;市內(nèi)或短途運(yùn)輸可冰袋運(yùn)輸。若提供的材料為新鮮組織、血液細(xì)胞等生物材料,請?zhí)峁┳銐蛱崛?ug以上基因DNA的材料量。

    2、DNA樣本:體積≥50ul,濃度≥50ng/ul,DNA總量≥2ug,純度 OD260/280 在1.7~1.9之間,不含PCR抑制劑,須注明準(zhǔn)確濃度。樣品須低溫冰袋運(yùn)輸。

    3、血液樣本:要求保存于抗凝管中或凍存管中,體積大于2ml,請用干冰運(yùn)送,保證DNA不降解。

    4、樣品為石蠟包埋組織切片的,要求提供10張組織切片光片(面積>10mm×10mm,厚度約5-10um)。

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