甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性,它是在擴(kuò)增片段長度多態(tài)性技術(shù)的基礎(chǔ)上建立起來的
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甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性,它是在擴(kuò)增片段長度多態(tài)性技術(shù)的基礎(chǔ)上建立起來的。MSAP技術(shù)相對其他測定DNA甲基化程度技術(shù)有如下優(yōu)點(diǎn):(1)不需知道被測DNA的序列信息,在不同生物上具有通用性,可用于DNA序列背景知識未知的生物。(2)操作相對簡便,在AFLP技術(shù)體系的基礎(chǔ)上不需要太大改進(jìn),即可操作。(3)可在全基因組范圍檢測CCGG位點(diǎn)的胞嘧啶甲基化變化。MSAP技術(shù)的局限性在于不能完成非CCGG位點(diǎn)的胞嘧啶甲基化。
MSAP的選擇擴(kuò)增產(chǎn)物目前主要通過兩種方法進(jìn)行分離檢測,傳統(tǒng)的聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)的方法和自動化程度較高的毛細(xì)管凝膠電泳(FISH)進(jìn)行檢測。
PAGE方法主要是優(yōu)點(diǎn)是引物可以是普通引物,適用于少量樣本或者大量樣本的引物篩選比較合適,另外還可以對差異條帶進(jìn)行克隆測序,獲得差異條帶的序列信息。
毛細(xì)管電泳檢測方法的優(yōu)點(diǎn)是自動化,可以對大量樣本進(jìn)行實(shí)驗(yàn),速度快,后期的條帶讀取可以依靠軟件,降低了人為讀取的標(biāo)準(zhǔn)不一。
1)MSAP服務(wù)內(nèi)容
1 樣本基因組DNA的提取
2 篩選多態(tài)性較好的引物(酶切,預(yù)擴(kuò),選擇性擴(kuò)增)
3-1 在ABI3730xl測序儀上完成數(shù)據(jù)采集
3-2 或是在JY-CX2B型 測序電泳槽上完成PAGE 檢測(可以回收差異帶)
數(shù)據(jù)分析:和客戶詳細(xì)溝通,確認(rèn)分析方案:讀取01矩陣,PAGE膠建議客戶自己讀取;
2)客戶提供:
★ 基因組DNA:
●至少15μL樣品,濃度為50-100ng/μL;
●2%瓊脂糖電泳檢測有DNA主帶,沒有降解;
●DNA經(jīng)過DNA純化試劑盒或磁珠純化;
●DNA需溶解在TE或滅菌的去離子水里;
●DNA溶解后,肉眼看不到雜色;
★ 植物材料: 新鮮組織,葉片采用硅膠干燥后或干冰運(yùn)輸;
★ 動物材料: 新鮮組織,無水乙醇封存低溫運(yùn)輸;
3)試驗(yàn)費(fèi)用:
MSAP |
按照96個樣本進(jìn)行隨機(jī)8對引物計算,提供01矩陣; |
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單價 |
數(shù)量 |
合計 |
|
DNA提取 |
30 |
96 |
2880 |
引物 |
300 |
0 |
0 |
酶切 |
40 |
192 |
7680 |
預(yù)擴(kuò) |
10 |
192 |
1920 |
選擇性擴(kuò)增 |
5 |
1536 |
7680 |
毛細(xì)管檢測 |
800 |
16 |
12800 |
分析 |
2000 |
1 |
2000 |
29888 |
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MSAP |
按照25個樣本進(jìn)行隨機(jī)8對引物計算,提供PAGE膠圖 |
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單價 |
數(shù)量 |
合計 |
|
DNA提取 |
30 |
25 |
750 |
純化 |
10 |
25 |
250 |
酶切 |
40 |
50 |
2000 |
預(yù)擴(kuò) |
10 |
50 |
500 |
選擇性擴(kuò)增 |
5 |
400 |
2000 |
PAGE檢測 |
800 |
8 |
6400 |
分析 |
2000 |
1 |
2000 |
13900 |