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LCM空間實驗流程詳解及送樣建議總結

瀏覽次數:836 發布日期:2024-2-26  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

>> 深度空間蛋白質組服務流程

01 簽單前溝通

02 LCM樣品類型確認

03 形態學質檢HE

04 正式實驗
 

一、簽單前溝通

01 樣本類型

FFPE石蠟塊(建議1年內,3年也有成功經驗)、OCT包埋塊、FFPE膜切片、OCT膜切片(切片前溝通,需要特殊膜貼片)、客戶自行通過LCM技術獲得的切割組織(提供載體信息),在FFPE和OCT之間更推薦FFPE。

注意:

⏩ 由于LCM操作時所用切片需要提前黏附在特殊的膜上,所以不接受普通載玻片上的OCT/FFPE切片,如果客戶自行制備膜切片,公司可以提供這種膜以及操作protocol。

⏩ 如果客戶自行通過LCM技術獲得的切割組織,請提前溝通確認有關儀器、系統、膜材料等信息。這種組織會直接進行蛋白質提取、酶解、肽段質檢檢測和分析。

⏩ 膜切片和包埋塊目標截面的大小不得超過14 mm*45 mm。如下圖所示:

圖片

02 樣本背景信息

物種、器官、疾病、組織保存年限等。

03 預計LCM面積

根據LCM面積大小,建議3-5張連續切片,相同LCM區域合并。

04 樣品數量

樣品數、正式切片數。

05 ROl數量

客戶可根據形態學質檢HE染色圖進行第一次ROI圈選,確定反饋總ROI數量及每張切片的ROI數量。
 

二、形態學質檢

分以下兩種情況:

1、FFPE石蠟塊和OCT包埋塊,實驗室進行切片、HE染色并給出質檢報告,客戶可通過HE看圖軟件確認該切片是否有ROI所在區域,并進行區域預圈選?蛻敉獠⑶覍嶒炇以u估客戶圈選區域具有技術可行性后方可進行正式實驗;

2、FFPE/OCT膜切片,實驗室選擇一張客戶送來的組織切片(玻片即可)進行HE染色并給出質檢報告,隨后與上述步驟相同。

注意:

⏩ 客戶的預圈選非常關鍵,實驗室會根據預圈選結果判斷正式實驗連續切片的數量(ROI內細胞過少時會將連續切片上相同的ROI合并為一個ROI)。

⏩ 由于顯微切割有較低的失敗率,所以建議客戶在預圈選時多圈選幾個ROI以作備用。
 

圖片

圖片解釋:

No1:正式實驗時,單張切片的1號圈選區域取樣進行蛋白檢測;

No2:正式實驗中,若1號圈選區域無法進行下游實驗,則取2號圈選區域(備份樣本)進行正式實驗;

No3+No4:正式實驗中,3號和4號圈選區域共同取樣合并后進行蛋白檢測;

No5:正式實驗過程中,取三張連續膜片的5號圈選區域的組織合并后進行蛋白檢測。
 

三、正式實驗

01 實驗室進行連續切片,其中一片進行HE染色,剩余切片制成膜切片

02 染色結果發送客戶

03 實驗室在正式膜切片上根據客戶要求圈出ROI,并進行LCM切割捕獲

04 收集到的切割組織進行蛋白質提取、酶解、質譜檢測和分析

發布者:上海生物芯片有限公司
聯系電話:400-100-2131
E-mail:marketing@shbiochip.com

標簽: 轉錄組 LCM 送樣
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