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查找SNP信息的方法介紹

瀏覽次數(shù):5615 發(fā)布日期:2015-10-15  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

     SNP命名方法有以下幾種:

     1、GenBank官方的refSNP ID單核苷酸多態(tài)性命名法

     GenBank官方的refSNP ID單核苷酸多態(tài)性命名法是相對(duì)比較完善的命名體系,命名方法是rs+7位阿拉伯?dāng)?shù)字。如果已知一個(gè)SNP的refSNP ID,那么就可以在GenBank的SNP數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索到相關(guān)的信息和在基因組中的位置了。譬如我搜索rs776746,你會(huì)發(fā)現(xiàn)CYP3A5和 RS776746是一個(gè)東西。

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     網(wǎng)址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/


     2、突變信息之間加上位置信息:

     又分為三種方式:

     突變信息之間+cDNA的位置,如C188T;

     突變信息之間加上DNA的位置,如A2546G;

     突變氨基酸信息之間加上氨基酸位置,如Glu145Lys.


     3、慣用名或頻率順序擬定的慣用名稱:

     在文獻(xiàn)中出現(xiàn)的等位基因常見(jiàn)的標(biāo)注方式,大家最熟悉的如CYP2D6*10、CYP2C9*3等,還有一些前面加個(gè)m,表示突變,如CYP2C19m2 等,還有一些也可以在文獻(xiàn)中看到,如CYP2E1的C1>C2突變等等,總之形式百花齊放,百家爭(zhēng)鳴,讓人頭暈。其實(shí)這就是一種非常不正規(guī)的用 HGVS Names標(biāo)注SNP位置的方法,很明顯,由于缺少引用核酸序列的接受號(hào),因此讀者無(wú)法從這樣的表示在GenBank中查到對(duì)應(yīng)的信息。這是個(gè)歷史遺留問(wèn) 題,責(zé)任也不能全怪原文的作者標(biāo)注不明。


     4、HGVS命名法:

     HGVS是Human Genome VariationSociety(人類基因組變異協(xié)會(huì))的簡(jiǎn)稱,是一個(gè)非政府的民間學(xué)術(shù)組織,其官方網(wǎng)站的網(wǎng) 址:http://www.hgvs.org/。HGVS命名SNP法的規(guī)則是標(biāo)出引用的核酸序列號(hào)(Reference Sequence,RefSeq)和SNP在該核酸序列中的位置,例如:NG_000004.3:g.247167G>A,其中紅色的部分是核酸序 列接受號(hào),綠色的部分是該單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)在該核酸序列中的位置,G>A表示原始?jí)A基是G,突變堿基是A。這樣的命名方法有利于找出所在基因序列 中的位置。



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