師兄做了轉錄組測序實驗，老師說讓我從這個數據里挖掘一下信息作為我下一步課題的開始，我該怎么做呢？估計很多科研者都會碰到此類的問題。轉錄組測序一般是通過高通量的方式把對照組和實驗組的所有基因的RNA表達水平差異檢測出來，雖然數據只有參考價值，但是可以進行大批量的篩選差異基因，進行進一步的驗證，這也是大家都會用到的方法。通過轉錄組測序選擇差異基因，需要繼續在動物模型和細胞實驗中驗證基因功能，其中細胞實驗基因功能驗證小編前面已經寫過，在此就不表述了，下面講講動物模型中的檢驗；
 
1. 首先通過查閱文獻以及其他人已發布的芯片數據，進行目標疾病或者目標表現的差異基因資料查詢，此外也可以自己收集對照組和處理組的樣本進行轉錄組測序，分析數據，最終都是確定預期靶標基因；
2. QPCR、WB或者免疫組化實驗進行表達量驗證：一般先進行QPCR表達量驗證，若是臨床疾病的差異基因A，可以使用臨床樣本的免疫組化/免疫熒光進行差異基因表達量驗證；
 
免疫熒光實驗驗證表達量：
  
3. 確定表達確實有差異后，進行動物模型造模，動物模型種類比較多，下面簡單列一些，針對這些模型進行下列實驗：
 

裸鼠成瘤模型	大鼠皮下植入模型
大鼠頸動脈狹窄模型	大鼠皮膚缺損模型
大鼠膽結石模型	兔骨缺損模型
小鼠肺損傷模型	大鼠MCAO模型
豚鼠過敏性鼻炎模型	小鼠胚胎種植
大鼠脊髓損傷模型	大鼠心肌損傷模型
大鼠細菌肺炎模型	大鼠脂肪肝模型
大鼠一型糖尿病模型	大鼠肝纖維化模型
大鼠一型糖尿病模型	大鼠結腸炎模型
大鼠心肌缺血再灌注模型	大鼠酒精性肝炎模型
大鼠腹部感染模型	大鼠睡眠剝奪模型
大鼠血糖波動模型	小鼠腸炎模型
小鼠動脈粥樣硬化模型	呼吸系統疾病動物模型
大鼠腦死亡模型	大鼠坐骨神經壓迫致痛模型
小鼠銀屑病模型	6-OHDA損毀建立部分損傷PD模型

（1）動物造模預實驗（通過文獻查閱，設計模型預實驗，判斷動物造模成功率以及時間安排情況，此處以大鼠頸動脈狹窄模型作為案例）
①對照組，6只
②模型組，6只
頸動脈狹窄（CAS）模型建立：Wistar 大鼠，麻醉后暴露小鼠單側頸總動脈，夾閉頸總動脈，在頸動脈近心端切開小口，使用導絲探入頸總動脈旋轉摩擦破壞動脈內膜。生理鹽水沖洗動脈腔，縫合切口，恢復血運。
 
取材：
a造模后在15d和24d對2組動物分別處死3只，取狹窄側頸動脈標本進行HE染色，判斷造模效果。
B 造模后15d和24d取血清以及狹窄側頸動脈標本進行-80凍存，進行QPCR和WB檢測，初步判斷A基因在此模型中表達量是否有差異，此外A基因調控的下游信號通路：例如周期或者凋亡相關信號通路是否也有差異。
 
HE結果顯示頸動脈造模效果
 
WB檢測結果（A基因和內參actin） （2）動物正式實驗（此處以大鼠頸動脈狹窄模型作為案例，抑制劑為目標基因A的抑制劑，進行動物注射，也可以用腺相關病毒注射進行A基因的過表達或者敲低）
①對照組，6只
②模型組，6只
③模型組+抑制劑，6只
 
造模15d后，全部處死取材：血清、頸動脈狹窄端、糞便，進行生化檢測、ELISA檢測、HE、免疫熒光檢測、QPCR、WB、16s細菌多樣性檢測等方法進行后續機制研究；
 
Α-SMA免疫熒光染色結果
對照組

 
模型組

 
模型組+抑制劑組

 
ELISA檢測結果
 
常規的動物造模實驗都會包含預實驗，正式實驗。而正式實驗就需要通過常規的病理染色、蛋白平臺、分子平臺等實驗手段，可能還會增加微生物實驗、CT掃描、TTC染色、行為學檢測等，這些都因為模型不同研究的通路不同而有所差異，但是思路都是相通的，需要了解這個模型足夠多的背景文獻和已經發表的機制進展，進而選擇可能的新機制。