干貨分享--高通量測序原始數據上傳教程
必備軟件
Aspera 插件 下載網址 ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi
每個過程對應的網址：
NCBI注冊 網址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/
申請BioProject 網址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/bioproject/
申請BioSample 網址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/biosample/
上傳SRA 網址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi
數據整體上傳的流程圖如下：
1. 注冊NCBI
打開 NCBI，點擊右上角的“Log in”，如下圖：
很多同學現在打開NCBI想注冊/登錄的時候，會發現如下提示：強制性使用第三方進行注冊/登錄。
2 創建Bio-Project
01.
輸入BioProject網址，先進行個人信息完善，以便成功申請到 Bio-Project。點擊“My profile”完善個人信息后并點擊“Save”，即可完成填寫。
02
點擊 BioProject，再點擊 New submission，進入BioProject 的信息填寫頁面，按照步驟進行填寫。
A
Submitter界面直接點擊continue;
B
Project Type 界面，選擇 Raw sequence reads，有組裝數據的也選擇 Genome sequencing and assembly;Sample scope 有 5 類選擇：單一樣本，多個樣本，多物種，環境樣本，合成樣本等，可按照實際點擊，其中普通轉錄組選擇：Multiisolate;微生物多樣性或宏基因選擇Environment；
C
Target 界面，只需填寫研究物種拉丁文名即可；
D
General Info 界面，選擇數據釋放日期（可以立馬釋放，也可指定日期)，Public description 部分對自己的研究簡要描述即可
E
BIOSAMPLE、PUBLICATIONS 界面可直接跳過，最后點擊 Submit，等待 NCBI 審核通過，即可完成 Bio-Project 的創建。
3
創建Bio-Sample
01
輸入BioSample網址，點擊 New submission，即出現 BioSample 界面，如下：
02
Submitter界面直接點擊Continue;
03
General Information 界面，選擇數據釋放日期和樣本個數，點擊 Continue;
04
Sample Type 界面，有 10 種類型描述樣本，例如病原體、微生物、模式生物、無脊椎動物、人、植物樣本等，這里我們選擇“Plant Sample” ，點擊 Continue；
05
Attributes界面，可以上傳表格，也可以自行填寫表格，
這里我們推薦首次上傳原始數據的用戶選擇自行填寫表格;
其中，必填字段用*星號標記；標有**、††或†的字段為選填項，但至少填寫一個。
如上傳表格數據，以下載Excel表格為例進行操作：
這里需要注意一下表頭的顏色，其中綠色為必填項，藍色為選填項，黃色為非填項。如果綠色的任何必填字段的信息不可用，可輸入“not collected”、“not applicable”或“missing”替代。藍色雖為選填項，但至少填寫一個，同樣出現何必填字段的信息不可用，請輸入“not collected”、“not applicable”或“missing”替代。黃色可以不予填寫。每一個單元格填寫是有格式要求的，可以點擊需要填寫的列名查看具體格式！
06
完成后，確認信息無誤，點擊Submit，即完成BioSample的創建。
4 數據上傳SRA
SRA簡介：SRA(Sequence Read Archieve)數據庫是NCBI搭建的存放原始測序數據的平臺。SRA能兼容不同測序平臺的數據，比如Sanger測序、Illumina測序、PacBio測序等，所以無論是基因組、重測序、轉錄組、微生物擴增子，還是宏基因組等組學分析，都可以將原始數據上傳SRA。
01
點擊My submissions頁面中的“Sequence Read Archive”，之后點擊“New submissions”，即可進入到SRA提交界面。
A
Submitter 頁面點擊Continue;
B
進入General Information頁面，填入Existing BioProject號碼，然后選擇數據釋放日期，需與前兩步數據釋放日期一致，之后點擊Continue;
進入SRA metadata界頁面，填寫對應表格信息，這里我們推薦直接在網頁版上填寫表格，需要注意的地方如下：
BioSample accession：注冊好的Biosample編號直接填寫;
Library ID：它是唯一的，我們可以使用物種拉丁文名命名。
Library strategy可以選擇WGS，Library source可以選擇Genomic，Library selection可以選擇size fractionation，Library layout可以選擇paired，Platform可以選擇illumina，instrument model可以選擇Illumina NovaSeq 6000;
Filetype可以選擇fastq;后面的Filename 可依次填寫M_sinensis_A_illumina_R1.fastq.gz、M_sinensis_A_illumina_R2.fastq.gz等，填寫完畢后點擊Continue。
D
Files界面：數據上傳的選擇方式，若單個文件數據量小于10G，樣本數小于300個，我們推薦Aspera方式上傳（如下圖);
然后我們點擊choose files，選擇相應的桌面文件，如下：
注意事項：
（1）所有樣本的原始數據需放在同一目錄下；
（2）原始數據為 fastq 格式的壓縮文件；
（3）若為雙端測序，需要提供雙端的原始數據，即 R1 端和 R2 端。
接著會顯示上傳界面，網頁版顯示如下：
Aspera軟件界面顯示如下：
03
待所有數據上傳成功后，我們就可以進入確認界面，點擊submit，即SRA數據上傳完成，我們只需等待NCBI審核通過，就可獲得對應樣本的SRA編號。
