生物安全柜對于廣大的科研實驗人員來說是非常熟悉的常規設備，但對其使用維護，特別是在特定條件下的熏蒸消毒卻不一定很了解，由于多方面方因，大多數實驗室的生物安全柜自投入使用以后，甚至多年，也沒有經過必要的的維護，有的甚至已經在不正常狀態仍在使用。這給實驗室生物安全留下了隱患，特別是在一些特定情況下，如使用3~5年后需要更換排風過濾器時，安全柜發生故障需要打開維修之前，生物安全柜受到嚴重污染時需要進行的熏蒸消毒。
 
一般常用的熏蒸用消毒劑包括甲醛、過氧化氫、二氧化氯等，甲醛雖然成本最為低廉，但因其致癌作用已經越來越受到使用限制，而且做過甲醛熏蒸的人大多會頭痛不已，因為要將整個安全柜用塑料布封閉起來、計算需要的消毒劑用量、布置生物指示劑、中和消毒劑、等待漫長的十幾小時等，最擔心的恐怕還是甲醛的泄漏，以及生物挑戰實驗的成敗等安全問題。
 
現在有一種新的方法可代替傳統的甲醛熏蒸，既采用過氧化氫蒸汽對生物安全柜進行消毒，通常發生器通過一個噴射接口與主艙體連接，已經有部分型號的安全柜提供此接口，同時有門封板將前面的操作口進行密封。如果這兩個配置都沒有的話，可以使用一個臨時的門封板，并且已經預裝好了合適的連接接口，將其安裝在前面操作口上，通過門封上的接口將過氧化氫蒸汽噴入生物安全柜內。
 
通常蒸汽回路連接于安全柜排風過濾器的后面，當然確切的連接類型和位置取決于帶消毒的生物安全柜的型號。在更換過濾器或對安全柜進行維護時，這種連接會推送過氧化氫蒸汽穿過安全柜的排風過濾器并將其消毒。
 
只對主艙體進行消毒也是可行的，可以用于準備下一個實驗前殺滅艙內及工作臺下面的所有微生物，避免交叉污染。這種方案相比對主過濾器消毒循環時間變短，使用的過氧化氫也更少。
 
所有的生物安全柜都有或多或少的氣體泄漏，為了確保過程的安全，過氧化氫發生器可以保持一個不大的負壓狀態，保證在滅菌過程中過氧化氫蒸汽不會從艙體泄漏到實驗室。這個功能是在消毒前通過在門封板上安裝連接一個小型壓力控制管來獲得。