差異表達蛋白指的是在不同生物樣本或不同處理條件下，其表達水平發生顯著變化的蛋白質。這種差異表達的觀察對于理解細胞生理和疾病機制是非常重要的。例如，在健康和疾病狀態下，或者在正常和受到某種處理的細胞之間，某些蛋白質可能會上調或下調。

1、檢測方法：

最常用的技術是質譜法，特別是液相色譜串聯質譜（LC-MS/MS）。此外，雙向電泳和Western blot也經常被用來研究蛋白質的差異表達。

2、定量方法：

可以使用標記或非標記的定量策略來定量蛋白質在不同樣本中的豐度，從而確定哪些蛋白是差異表達的。

3、生物學意義：

差異表達的蛋白質可以為生物過程、細胞通路或疾病提供重要信息。例如，某些差異表達的蛋白可能與疾病進展、藥物反應或細胞應激反應有關。

4、應用：

差異表達蛋白的研究在許多領域都有應用，包括癌癥、神經退行性疾病、代謝性疾病等。此外，它們也可以作為疾病標記物或藥物靶點。

圖1.差異表達蛋白聚類折線圖

注：x軸表示樣品分組，y軸表示表達量。黑色線條表示這個cluster中的所有蛋白在不同實驗條件下相對表達量的平均值的折線圖。

研究差異表達蛋白是蛋白質組學的核心領域，它為我們提供了關于細胞和組織在不同條件下的功能和狀態的寶貴信息。