噬菌體展示通俗的理解就是把要表達的蛋白與噬菌體的外殼蛋白融合表達，使蛋白表達到噬菌體表面，當然在這個過程中需要保證蛋白的結構和功能不發生改變。因為蛋白質保持了其本身的活性，所以可以通過特異的反應鑒定篩選出表達有活性蛋白的噬菌體。該技術將蛋白的表型和基因型直接聯系了起來，可以實現高通量的篩選。

噬菌體展示文庫可廣泛用于選擇針對多種不同抗原的抗體。噬菌體展示抗體（PDA）文庫可以快速分離和鑒定用于治療和診斷的高特異性單克隆抗體。噬菌體展示抗體文庫可以分為免疫庫、天然庫和隨機肽庫。為了創建盡可能大的抗體庫，隨機肽庫越來越受到關注，目前已經產生了很多合成和半合成抗體庫。噬菌體展示抗體文庫本質上是一種建庫和篩選技術，這里我們重點關注將外源基因插入噬菌體外殼基因，使其表達到噬菌體外殼的建庫步驟。

為了在絲狀噬菌體表面上顯示抗體可變區并隨后回收可溶性抗體，將琥珀終止密碼子（TAG）置于抗體的編碼區和噬菌體外殼蛋白pIII之間。這種琥珀終止密碼子TAG在大腸桿菌抑制菌株如TG1或XL1 blue中表達時，大約20%的時間翻譯為谷氨酰胺，而另外80%的時間翻譯為終止信號，因此將琥珀終止密碼子編碼為終止信號的克隆比將琥珀終止密碼子編碼為谷氨酰胺的克隆的數量更多，也就是說大多數噬菌體并沒有將抗體展示到噬菌體表面。由于只有融合表達外源蛋白和噬菌體衣殼蛋白的噬菌體才有可能被篩選出來，而大多數的翻譯終止，所以在抑制菌株中更容易篩選到抗原特異性噬菌體。一旦選擇并克隆了抗原特異性噬菌體，就可以通過轉換到大腸桿菌非抑制菌株如HB2151表達可溶性抗體。

然而，從合成和半合成文庫中選擇陽性結合克隆有一個固有的偏向，即克隆中會含有隨機產生的琥珀終止密碼子TAG，終止密碼子的存在會減緩單鏈抗體的選擇過程，并對單鏈抗體的分離和生產造成影響，這使得高親和力結合抗體的鑒定變得復雜。正常情況下，包含終止密碼子的單鏈抗體比例在10-30%之間波動，但對于某些特定的抗原選擇方法，這一比例可能會增加到70-100%。盡管越來越多的研究人員正在利用這項技術，琥珀終止密碼子在可變區中的頻繁存在是一個很大程度上被忽視的問題，因為只有在陽性克隆不能通過可溶性ELISA實驗鑒定出來的情況下，大家才會考慮終止密碼子的問題。當單鏈抗體存在終止密碼子時，抗原特異性抗體的選擇之后必須進行定點誘變，以去除每個單鏈抗體中的終止密碼子，這是一個相當繁瑣的過程，因為每個單鏈抗體都需要設計不同的特異性引物，之后還要進行測序。因此可能的替代方案是表達可溶形式的抗體-pIII融合蛋白，但這也是有問題的——抗體-pIII融合蛋白在大腸桿菌中以較低水平表達，并且由于piii蛋白自發斷裂其在功能上是異質的。由于這些原因，抗體-pIII融合蛋白的精確定量和親和力測量也是困難的，而選擇的有功能的抗體的關鍵問題是確定其在大腸桿菌中表達時的溶解度和與抗原結合的親和力。

因此Marcus等人將琥珀終止密碼子突變為谷氨酰胺密碼子（CAG），Barderas等人將琥珀終止密碼子突變成赭石終止密碼子（TAA），使其僅表達可溶性的目標抗體而不表達噬菌體的衣殼蛋白pIII，這提供了一個解決方案。目前Perween等人已將TAA突變應用于SARS CoV 2，成功產生了抗SARS CoV 2 RBD的人源重組scfv抗體。