前言

上一期，小編教大家使用殷賦云計算平臺（http://cloud.yinfotek.com）重現了一篇2018年文獻《【文獻重現】D715-2441 抑制劑與PB2蛋白的結合模式研究》的分子對接計算結果。然而，要發表高質量SCI文章，還需要制作高質量的Figure。本期，我將帶大家使用PyMOL軟件（搭配Photoshop、MS Powerpoint）繪制D715-2441與PB2cap的結合模式圖。

我們先來看一張成品圖：

 

研究背景

根據上期的分析結果，我們獲得以下相互作用：
1、化合物D715-2441的芳環夾在氨基酸殘基H357和F404之間并形成π-π堆積作用，還與F404形成疏水作用；
2、化合物苯環上的羥基與E361的羧基和K376的N+原子形成氫鍵作用，另一個羥基與F404的O原子形成氫鍵作用；
3、化合物吡喃酮環酯基與K339的N+原子和H357的咪唑基形成鹽橋作用。

軟件工具

制作一張精美的結合模式圖需要用到三款軟件：PyMOL（及其插件center_of_mass.py）、Photoshop（PS）和MS PowerPoint（PPT）軟件。

在微信公眾號（殷賦科技）首頁回復“pymol”即可獲得相關軟件、插件的下載鏈接，PyMOL安裝教程請瀏覽《PyMOL及其插件安裝教程》。

操作步驟

PyMOL作圖通常是對特定對象進行展示形式、顏色、字體等方面的修飾。PyMOL的精髓在于命令行與鼠標的配合使用，本文高度依賴命令行，請做好心理準備（如果真的很厭倦命令行，請使用殷賦云計算平臺的作圖工具）。大多數命令格式較為一致，請注意總結歸納。

1. 前期準備工作

下載蛋白-配體復合物文件（rli-D715-2441-1.pdb）：登錄平臺 -> 進入任務詳情頁 -> 查看相互作用分析 -> 下載文件。
我們先來看平臺上的結合模式圖：

平臺提供了相當清晰好看的圖，只要將鼠標放在圖上，右鍵下載即可。對于一般用戶，這樣的圖已經足夠發文章了。今后，我們還將添加更多細節控件，讓你在平臺上點點鼠標即可輕松完成本篇文章的核心內容，制作一張高質量圖片。敬請期待！

2. PyMOL作圖
2.1. 設定工作目錄，打開文件

打開PyMOL軟件，導入剛才下載的復合物PDB文件（rli-D715-2441-1.pdb）。注意：有兩種方法導入文件，一種是鼠標點擊菜單欄File -> Open…，另一種是通過命令行。在這里，我們采用命令來操作，因為這樣可以同時把工作目錄設置好，方便后續保存文件。

假設我們的工作目錄為D:\demo。注意：路徑中不要有中文和空格，這是導致很多計算類軟件（尤其是免費軟件）出現問題的原因。

在PyMOL上界面或下界面的命令輸入框輸入以下命令（PyMOL>表示這是PyMOL的命令），每行輸入完畢后按【Enter】鍵：

2.2. 設置操作對象

結合模式圖通常涉及到受體（蛋白）與配體（小分子化合物）兩部分（有的還可能涉及水分子、金屬離子、輔酶；等等），需為之分別設置對象，以便后續操作。設置配體對象：按照下圖順序，將配體設置為lig對象。設置關鍵殘基對象：關鍵殘基包括：A鏈的K339、H357、E361、K376和F404。由于該蛋白只有一條鏈，在使用命令選擇殘基時，可以不用指定鏈名。按照下圖順序，將關鍵殘基設置為res對象。

2.3. 顯示所需，隱藏多余

在PyMOL中輸入以下命令：

然后，進行鼠標操作：

2.4. 繪制相互作用力

前面說過，命令行和鼠標的配合是很重要的。這里再簡單講講鼠標的幾個操作用法：

A） 拖動鼠標左鍵：按住右鍵，任意方向拖動鼠標，使視圖轉動；
B） 上下拖動鼠標右鍵：按住右鍵，上下拖動鼠標，使視圖縮放；
C） 拖動鼠標中間滾輪：按住滾輪，任意方向拖動鼠標，使視圖移動；
D）滾動鼠標中間滾輪：拉進或拉遠鏡頭，使近處原子逐漸顯示或隱藏。

我們參照平臺給出的結合模式圖（本文第二張圖），通過下面的鍵鼠操作來繪制相互作用力。

繪制π-π堆積與鹽橋作用

首先，確保鼠標模式（Mouse Mode）為Viewing狀態，選擇（Selecting）模式為Atoms狀態（位置在PyMOL右下方）。然后，按照下面步驟操作：

然后，點擊PyMOL菜單欄的Wizard -> Measurement，然后根據示意圖點擊剛才創建的小球，兩兩一組，便畫出虛線（相應地，生成對象measure01~05）。

繪制其他作用力

采用相同的辦法，把氫鍵和疏水作用也畫出來。由于這些作用力的兩端剛好落在原子上，因此，不用繪制小球。

2.5. 最后加工

為方便調整，也為圖片規格符合要求（通常，出版社要求全版圖片寬度≤2000像素，半版圖片寬度≤1000像素，分辨率≥300 dpi），我們將PyMOL界面放大或靠邊最大化，并將上半部分的對話框往上拉到最小，讓視圖最大。然后放大、擺動視圖至合適的角度，使盡可能清晰地看到各關鍵細節。

基本的創建工作已經完成，接下來進行細致的修飾。

我們還可按下圖步驟微調cartoon樣式：

還可移動label的位置（設置Mouse Mode為Editing模式后，按住Ctrl鍵，用鼠標左鍵或右鍵拖動label；必要時，可先將cartoo隱藏起來，等調整好label后，再顯示出來），讓視圖更清晰。經過上述一系列操作，得到下圖：

2.6. 生成圖片

上面的圖已經可以發表文章了，但為了更好看，還需要進行一步：光線追蹤（Ray tracing）。

繼續使用命令：

至此，我們拿到3張圖片：focus.png、label.png和overview.png。下面講述如何使用PS處理這些圖片。

3. 使用PS添加字體

打開PS，將focus.png文件拖進界面。此時，圖片背景可能有一排排的灰色格子，這是因為PyMOL生成的png圖片背景是透明的。只需要將圖片設為背景圖層（默認背景顏色是白色，如果不是，請自行更改），即可去除格子，得到白色背景的圖片。操作如下：

然后，參照label.png文件，為focus圖添加文字標簽。

按字母T鍵，然后左鍵點擊圖片任意地方，即可輸入文字內容，完成后按右側小鍵盤的Enter鍵（并非平時使用的字母鍵盤Enter鍵，兩者功能在PS中略有差異）或者干脆點擊工具欄上的打勾標識（下圖右端）。在輸入內容之前，還要調整一下字體大小、樣式和顏色，比如設為Times New Roman字體，Bold樣式和黑色。

并給文字添加白色描邊，以便在顏色接近的圖片區域中也能清楚辨認。

按住Ctrl+Alt，點擊并拖動標簽至其他需添加標簽的位置，即可復制出一個新的標簽，然后修改文字內容即可。依次添完所有標簽，并放置合適的位置。對于氫鍵距離，我們設置的字體大小為18。

將當前狀態保存為focus.psd文件（Ctrl+Shift+S）。最后，合并圖層（Ctrl+Shift+E），再保存為圖片focus.tif文件。由于PyMOL生成的圖片規格是2000像素 × 2000像素，300 dpi。我們直接保存即可。若想更改規格，可按Ctrl+Alt+I鍵，根據提示修改相應的值。

至此，我們便制作成可用于發表文章的高質量結合模式圖：

4. 使用PPT制作成品圖

為制作一張展示結合口袋在蛋白整體位置、并將口袋內的相互作用細節放大的圖片，我們使用PPT將focus.tif和overview.png拼合并加以修飾。

1、 打開PPT，將圖片拖進同一界面（注意先把預設的東西清理掉），擺至合適位置；

2、 點擊focus圖，設置圖片大小和邊框（見下圖）；

3、 添加正方形，覆蓋蛋白口袋，大小為6 cm × 6 cm，不填充顏色，邊框顏色和樣式與focus圖一致；

4、 添加兩條相同顏色的虛線，連接focus圖和正方形。

按Ctrl+A，將全部圖片和圖形選上，再按Ctrl+G，即合并為一個圖。右鍵單擊圖片，選擇“保存為圖片”，保存為combine.tif文件即可。打開圖片會發現，有一些區域的背景是透明的，可用PS處理，按上面所述設置背景顏色。最后調整畫布和圖象大小，保存文件即可。

注意：從PPT保存出來的圖片的像素會發生變化（降低），盡管再用PS處理，仍不免質量損失。為從PPT保存成高清圖片（300 dpi），需要一番設置。由于操作復雜，在這里不詳細展開。感興趣的朋友可以參考這里的操作：

http://www.360doc.com/content/18/0621/17/7669533_764184334.shtml

最后，讓我們好好欣賞這件精美的作品吧。祝大家做優質圖片，發高分文章！

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