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生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)中蘊(yùn)藏著各種各樣的生物醫(yī)學(xué)知識(shí)，通過借助不同的數(shù)據(jù)挖掘/文獻(xiàn)挖掘方法，文獻(xiàn)挖掘可以選擇性的從中提取出特定主題的知識(shí)。作為一個(gè)完整的文 獻(xiàn)挖掘平臺(tái)，需要完成兩類功能：數(shù)據(jù)處理與文獻(xiàn)挖掘。
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生物醫(yī)學(xué)知識(shí)發(fā)現(xiàn)平臺(tái)
生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)中蘊(yùn)藏著各種各樣的生物醫(yī)學(xué)知識(shí)，通過借助不同的數(shù)據(jù)挖掘/文獻(xiàn)挖掘方法，文獻(xiàn)挖掘可以選擇性的從中提取出特定主題的知識(shí)。作為一個(gè)完整的文 獻(xiàn)挖掘平臺(tái)，需要完成兩類功能：數(shù)據(jù)處理與文獻(xiàn)挖掘。數(shù)據(jù)處理包括文獻(xiàn)數(shù)據(jù)處理和其他數(shù)據(jù)處理，如從文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫中獲取文獻(xiàn)數(shù)據(jù)，驗(yàn)證數(shù)據(jù)的完整性，提取文 獻(xiàn)數(shù)據(jù)中的特定信息，以及提取其他類型的數(shù)據(jù)中的指定信息。在數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)提供的規(guī)范化數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)之上，文獻(xiàn)挖掘系統(tǒng)對(duì)其進(jìn)行統(tǒng)計(jì)或者NLP方面的分析處 理，進(jìn)而挖掘出實(shí)體名稱、實(shí)體關(guān)聯(lián)模式和實(shí)體關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)等知識(shí)。
根據(jù)文獻(xiàn)挖掘的處理流程，生物醫(yī)學(xué)知識(shí)發(fā)現(xiàn)平臺(tái)包括六個(gè)子系統(tǒng)：1）文獻(xiàn)獲取系統(tǒng)，主要功能包括文獻(xiàn)下載、文獻(xiàn)校驗(yàn)、數(shù)據(jù)更新和數(shù)據(jù)日志分析等；2）數(shù)據(jù) 預(yù)處理系統(tǒng)，主要功能為從原始數(shù)據(jù)中提取出指定的信息，并按照需求保存為合適的格式；3）NLP系統(tǒng)，加工文本數(shù)據(jù)，將文本數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為可以進(jìn)行知識(shí)推理的 素材，主要功能為分詞、實(shí)體名稱識(shí)別、詞性標(biāo)注和實(shí)體名稱映射等；4）關(guān)系挖掘系統(tǒng)，主要功能為計(jì)算實(shí)體共出現(xiàn)頻率，提取實(shí)體關(guān)聯(lián)模式，提取關(guān)聯(lián)實(shí) 體；5）網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建系統(tǒng)，主要功能是提供實(shí)體關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)的基本性質(zhì)以及連通子圖、Hub子圖和關(guān)聯(lián)子網(wǎng)絡(luò)的提�。�6）網(wǎng)絡(luò)可視化系統(tǒng)，圖形化展示網(wǎng)絡(luò)分析結(jié) 果。系統(tǒng)的部分成果發(fā)布在http://lifecenter.sgst.cn/textweb。
技術(shù)基礎(chǔ)
生物醫(yī)學(xué)知識(shí)發(fā)現(xiàn)平臺(tái)是一個(gè)JavaEE系統(tǒng)，整合了GeniaTagger、Mallet、ABner和Standford Parser等自然語言處理相關(guān)的軟件，能夠完成常見的文本挖掘任務(wù)。由于文本挖掘任務(wù)是高計(jì)算量的工作，知識(shí)發(fā)現(xiàn)平臺(tái)在多線程處理方面進(jìn)行了大量的優(yōu)化 工作。
服務(wù)方式
依托知識(shí)發(fā)現(xiàn)平臺(tái)，我們能夠提高如下的服務(wù)：
生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)注釋與服務(wù)：從文獻(xiàn)中識(shí)別出實(shí)體，從而實(shí)現(xiàn)文獻(xiàn)注釋的目的，并能夠在傳統(tǒng)的文獻(xiàn)查詢功能基礎(chǔ)之上，提高基于實(shí)體的查詢；
特定疾病相關(guān)的文本挖掘：能夠提供疾病及其相關(guān)疾病的信息，以及疾病相關(guān)的基因、蛋白質(zhì)、小分子等信息；
多個(gè)基因/蛋白質(zhì)的關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)分析：依托全文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫的文本挖掘結(jié)果，構(gòu)建實(shí)體關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)，從而能夠從網(wǎng)絡(luò)中找出指定的基因/蛋白質(zhì)之間的關(guān)系，并以網(wǎng)絡(luò)的形式展示這種關(guān)系；
生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)整合服務(wù)：借助實(shí)體關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)和實(shí)體名稱－生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)映射技術(shù)，我們能夠提供基于文獻(xiàn)的數(shù)據(jù)整合服務(wù)；
其它文本挖掘定制服務(wù)：我們可以依照用戶需求，分析文獻(xiàn)的內(nèi)容，為用戶定制特定的文本挖掘服務(wù)。
手機(jī)版：文本挖掘服務(wù)
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