一、簡介
近年來，生物信息學在生命科學研究中起著越來越重要的作用。利用生物信息學對蛋白質組的各種數據進行處理和分析，也是蛋白質組研究的重要內容。生物信息學是蛋白質組學研究中不可缺少的一部分。生物信息學的發展，已不僅是單純的對基因組、蛋白質組數據的分析，而且可以對已知的或新的基因產物進行全面分析。在蛋白質組數據庫中儲存了有機體、組織或細胞所表達的全部蛋白質信息，通過用鼠標點擊雙向凝膠電泳圖譜上的蛋白質點就可獲得。
二、服務內容
二、服務內容
（一）生 物 統 計 分 析
1、表達模式挖掘作圖
應用于所有物種，在多樣品或者多時間點的動態實驗中根據蛋白或基因表達值發掘表達模式并進行歸類
2、層次聚類分析
所有物種 根據蛋白的表達情況進行歸類分析
3、主成分分析（PCA）
所有物種，在多樣品或者多時間點的動態實驗中根據蛋白或基因表達值對樣品進行分類分析
（二）生 物 數 據 查 詢
1、模式生物數據映射--非模式生物
將非模式生物的數據與相應的模式生物數據進行匹配，獲得所對應的模式生物的蛋白或者基因識別號以便進行深入數據分析
2、數據庫功能查詢--以模式生物為主
通過IPI號碼或者SP號碼批量查詢蛋白的染色體定位、細胞定位、GO功能、蛋白互作、修飾及參與的Pathwway通路信息
3、數據識別號轉換--模式生物
實現NCBI、Swiss-prot、EBI等不同數據庫之間識別號的轉換，最少兩種識別號
（三）組學生物信息學
1、蛋白序列分析--所有物種
針對一些功能信息不夠豐富的蛋白，可以通過序列分析了解預測其功能和理化性質，包括跨膜區域預測、蛋白定位、蛋白分泌、翻譯后修飾、等電點、分子量、疏水性等
2、COG分析--所有物種
對蛋白的功能進行分析
3、染色體定位分析--模式生物
已知蛋白的鑒定號，批量調取蛋白定位信息，并圖示化。
4、GO富集與作圖--模式生物
富集基因或蛋白的GO信息并采用餅圖或者柱型圖的方式進行展示。
5、蛋白互作網絡分析-模式生物
通過蛋白的差異譜或實際鑒定譜，可以在各種相互作用數據庫中找到對應的相互作用蛋白，并構畫出相互作用網絡
6、Pathway通路分析--模式生物
將蛋白mapping到相應的代謝通路中，并給出mapping的圖示結果及統計學結果，數據來源以KEGG為主，同時還可能包括BIOCARTA和Protein Lounge
7、蛋白家族進化樹構建--所有物種
8、蛋白亞家族間功能特異位點分析--所有物種
9、IPA分析--模式動物
采用IPA軟件根據實際數據對疾病分子相關網絡通路分析，還可以在此基礎上構建自己的網絡和通路
10、轉錄因子預測分析--模式生物
分析一組蛋白所涉及的轉錄因子
（四）蛋白質分析
1、蛋白序列保守位點分析--所有物種
2、蛋白3D結構模擬--所有物種
3、蛋白表位分析-所有物種
4、蛋白翻譯后修飾預測--所有物種
5、蛋白結構分析--所有物種
6、蛋白基本性質分析--所有物種
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