1.熱點生物信息學分析
1)小RNA數據分析
2)轉錄組數據分析
3)微生物基因組分析
4)基因數字表達譜DGE分析
5)外顯子組數據分析
6)全基因組數據分析
2. 基因組學相關分析
1)序列拼接,基因組組裝。
2)序列比對,同源性搜索、物種同源分析。
3)多序列全局比對,同源進化樹構建及進化分析。
4)EST的基因組定位,可變剪切形式確定 。
5)Promoters預測與查找,CpG島,調控元件預測等。
6)重復序列注釋:SSR, STR, LINE, SINE, Transposons等。
7)基因預測及基因結構分析:真核,原核,mRNA/cDNA編碼區預測。
8)Non-Coding RNA的預測與注釋:
tRNA預測及二級結構分析
rRNA預測
MiRNA預測及結合靶點預測
soRNA預測及甲基化位點預測
9)SNP分析。
10)分子進化相關分析:分歧年代,進化樹,進化壓力(Ka, Ks)。
11) EST序列/一般序列分析
序列基本分析:去除載體,污染,聚類,拼接
表達譜分析:特異表達基因,共調控基因
Unigene的功能注釋及分類
基于EST的SNP分析
12)基因的功能注釋及分類
NCBI非冗余核酸庫(NT)
NCBI非冗余蛋白庫(NR)
SwissProt蛋白數據庫
Kegg Pathway數據庫
COG/KOG蛋白家族數據庫
Interpro&GO蛋白功能位點和結構域(domain)數據庫
3. 蛋白質組學相關分析
1)蛋白質親/疏水性、等電點、抗原性分析及跨膜蛋白,信號肽等性質分析和相似性分析
2)蛋白二級/三級結構預測
4. Microarray/Biochio生物芯片數據分析
1)對基因芯片的表達譜數據進行預處理與歸一化分析
2)使用多種統計方法篩選具有顯著性差異表達的基因
3)對差異表達基因數據進行多種聚類分析,并給出樹狀圖
4)結合基因GO分類(gene ontology)、信號轉導數據庫(KEGG),進行相關路徑分析、差異表達基因的功能分類、所屬信號通路分類等
5. 引物/探針設計
1)核酸引物、PCR引物、測序引物及雜交探針的設計與評價
2)用于細菌種屬分類的雜交探針設計
3)用于SNP檢測的探針設計
4)芯片的olgio設計
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上海若谷生物科技有限公司(BIOAIDE)是一家為臨床及科研客戶提供完整的生命科學前沿技術服務、咨詢、規劃及相關產品的高科技企業,BIOAIDE能提供涵蓋從基因組到動物體的全流程解決方案。我們旨在通過自身的核心競爭力,幫助臨床及基礎科研人員快速、高效完成實驗項目并獲得高質的實驗數據,特別是在基因功能、腫瘤、遺傳病、生物材料及骨生物學等領域。我們的團隊成員來自于中科院上海生命科學研究院、上海交通大學、Albert-Ludwigs-UniversitätFreiburg、上海師范大學等高校及科研機構,我們有著豐富的基礎及臨床科研經驗,與國內外多所大學及科研機構有著良好的合作關系,能夠為您提供高質、高效的實驗及咨詢服務。