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生物研發(fā)服務(wù)

BioNano單分子光學(xué)圖譜

Bionano公司利用其專利的芯片技術(shù)開發(fā)的Irys系統(tǒng)可以對(duì)長(zhǎng)鏈DNA單分子成像，在更短時(shí)間提供更完整的基因圖譜。

服務(wù)類別：	測(cè)序/合成	總訪問(wèn)：	3825
最后更新：	2015-8-19	半年訪問(wèn)：	48
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服務(wù)商：晶能生物技術(shù)（上海）有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡(jiǎn)介

NGS可以獲得大量的測(cè)序數(shù)據(jù)但是由于讀長(zhǎng)較短，無(wú)法直觀的看到整個(gè)基因組范圍的結(jié)構(gòu)變化，而且由于基因組的復(fù)雜性（重復(fù)序列和結(jié)構(gòu)變異）限制了基因組的重構(gòu)和對(duì)功能原件的理解。因此迫切需要針對(duì)更長(zhǎng)片段的分析方法。BioNano公司利用其專利的芯片技術(shù)開發(fā)的Irys系統(tǒng)可以對(duì)長(zhǎng)鏈DNA單分子成像，在更短時(shí)間提供更完整的基因組光學(xué)圖譜。

Irys系統(tǒng)特點(diǎn)

1. 長(zhǎng)鏈DNA分子 ---可檢測(cè)長(zhǎng)達(dá)幾百kb的單鏈DNA分子，很好解決重復(fù)序列和可變區(qū)對(duì)研究帶來(lái)的影響。

2. 高質(zhì)量的數(shù)據(jù) ---單分子DNA通過(guò)納米通道被拉直平行排列，利用高質(zhì)量圖像使基因組結(jié)構(gòu)展現(xiàn)無(wú)遺。

3. 應(yīng)用靈活 ---開放性的平臺(tái)適合研究人員進(jìn)行多個(gè)領(lǐng)域的研究，尤其在de novo和染色體結(jié)構(gòu)變異方面提供了全新的研究方法。

技術(shù)路線

生物信息學(xué)分析

部分結(jié)果展示

單分子長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)

結(jié)構(gòu)變異結(jié)果

De novo拼接統(tǒng)計(jì)

樣品要求

1) 樣品濃度：最低濃度40ng/µl～200ng/µl。

2) 樣品總量：每個(gè)樣品總量不少于10µg。

3) 樣品溶劑：基因組完整（大于等于150kb）、無(wú)污染。

4) 樣品運(yùn)輸：DNA低溫運(yùn)輸（4℃）；且在運(yùn)輸過(guò)程中請(qǐng)用parafilm將管口密封以防出現(xiàn)污染。

應(yīng)用案例

PLOS ONE.2013;8(2):e55864. doi: 10.1371.

Rapid Genome Mapping in Nanochannel Arrays for Highly Complete and Accurate De Novo Sequence Assembly of the Complex Aegilopstauschii Genome. Hastie AR, Dong L, Smith A, Finklestein J, Lam ET, Huo N, Cao H, Kwok PY, Deal KR, Dvorak J, Luo MC, Gu Y, Xiao M.

背景：

1. 植物擁有巨大的基因組，大量的重復(fù)序列。這對(duì)于目前的測(cè)序技術(shù)依然是個(gè)嚴(yán)峻的挑戰(zhàn)，利用 NGS技術(shù)依然無(wú)法產(chǎn)生足夠大的contig來(lái)克服重復(fù)序列帶來(lái)的困擾。

2. BioNano技術(shù)平臺(tái)產(chǎn)生的熒光標(biāo)記大片段DNA分子可以很好的改善這一問(wèn)題。本文利用該技術(shù)可以快速將節(jié)節(jié)麥（Aegilopstauschii）的2.1M高重復(fù)區(qū)域的組裝完整性由75%提升到95%。

研究方法：

1. 從27個(gè)BAC克隆分別抽取DNA混合。

2. BioNano建庫(kù)測(cè)序。

3. 454建庫(kù)測(cè)序。

4. 數(shù)據(jù)拼接，基因組組裝優(yōu)化。

5. 利用SNapshot方法進(jìn)行驗(yàn)證。

結(jié)果分析：

1. 得到2.1M區(qū)域的完整基因組圖譜，并用snapshot驗(yàn)證得到一致結(jié)果。

2. 將BioNano得到的基因組圖譜與NGS拼接得到的contig序列比較，發(fā)現(xiàn)contig序列存在各種類型的錯(cuò)誤，這些錯(cuò)誤被證實(shí)是由于NGS數(shù)據(jù)覆蓋度不夠，重復(fù)序列對(duì)NGS數(shù)據(jù)拼接干擾等因素造成的。

3. 利用BioNano數(shù)據(jù)修正后得到更加可靠的拼接結(jié)果。

參考文獻(xiàn)

[1] Lam ET, Hastie A, Lin C, Ehrlich D, Das SK, Austin MD, Deshpande P, Cao H, Nagarajan N, Xiao M, Kwok PY. Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly.NatBiotechnol. 2012 Aug;30(8):771-6.

[2] Das SK, Austin MD, Akana MC, Deshpande P, Cao H, Xiao M. Single molecule linear analysis of DNA in nano-channel labeled with sequence specific fluorescent probes. Nucleic Acids Res. 2010 Oct;38(18):e177. doi: 10.1093/nar/gkq673. Epub 2010 Aug 10.

晶能生物技術(shù)（上海）有限公司（簡(jiǎn)稱“晶能生物”）成立于2010年2月。自成立以來(lái)，高速發(fā)展，成為中國(guó)生物技術(shù)服務(wù)行業(yè)領(lǐng)先地位的公司。

晶能生物專注健康醫(yī)療產(chǎn)品和生命科學(xué)領(lǐng)域科技服務(wù)，抓住了中國(guó)健康醫(yī)療產(chǎn)業(yè)的巨大機(jī)遇和生命科學(xué)市場(chǎng)的快速成長(zhǎng)勢(shì)頭，形成了以產(chǎn)品研發(fā)和科技服務(wù)為核心，涉足生命科學(xué)，臨床疾病、人類健康等領(lǐng)域的產(chǎn)業(yè)化服務(wù)體系，在產(chǎn)品研發(fā)、人才建設(shè)、市場(chǎng)營(yíng)銷、銷售渠道、專業(yè)服務(wù)等方面形成極具競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)的中國(guó)知名的高新技術(shù)企業(yè)。

晶能生物注重產(chǎn)品開發(fā)，成立創(chuàng)新健康醫(yī)療研究中心，資深的專家團(tuán)隊(duì)、國(guó)際先進(jìn)的儀器設(shè)備，完善的管理和研發(fā)體系，讓中心成為一個(gè)充滿激情、力量雄厚、極具發(fā)展?jié)摿Φ难邪l(fā)機(jī)構(gòu)。

晶能生物通過(guò)ISO9001:2008質(zhì)量體系認(rèn)證, 并率先成為illumine CsPro和BioNano官方認(rèn)證服務(wù)商。主要技術(shù)平臺(tái)有BioNano單分子光學(xué)圖譜平臺(tái)、Illumina-Hiseq3000高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Hiseq2500高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Hiseq1500高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Miseq高通量測(cè)序平臺(tái)，Illumina-iScan基因芯片平臺(tái)、Illumina-ECO Real Time PCR平臺(tái)、Sequenome-質(zhì)譜分析平臺(tái)、曙光高性能服務(wù)器平臺(tái)以及各種配套設(shè)備，完成項(xiàng)目達(dá)到近2000個(gè)，完成專利達(dá)到近10項(xiàng)，合作客戶發(fā)表文章影響因子超過(guò)400。晶能生物已取得國(guó)內(nèi)二代測(cè)序，基因芯片等市場(chǎng)的競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)，成為這個(gè)行業(yè)的領(lǐng)先者。

晶能生物奉行客戶第一、共享快樂(lè)、共同成長(zhǎng)、持續(xù)發(fā)展的原則，始終懷著感恩的心態(tài)，努力做一個(gè)讓社會(huì)、客戶、員工和股東滿意的企業(yè)，并成為提供健康醫(yī)療產(chǎn)品和科技服務(wù)的領(lǐng)導(dǎo)性公司。

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