一、項(xiàng)目目標(biāo)：

    利用NLP(Natural Language Processing)方法從PubMed文獻(xiàn)摘要數(shù)據(jù)庫中分析A基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，并對(duì)互作的基因進(jìn)行GO、pathway分析。

用途：

    基因-基因互作網(wǎng)絡(luò)、基因-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)、基因-microRNA互作網(wǎng)絡(luò)、蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)、microRNA-microRNA互作網(wǎng)絡(luò)。

二、項(xiàng)目方案

2.1.基本流程

1） 利用關(guān)鍵詞進(jìn)行文檔搜索，并將文檔整理成XML格式。

2） 將摘要文本分離成單個(gè)句子。后續(xù)的分析是以句子為基本單位的。

3） 利用B軟件進(jìn)行人類基因的描述的定位，提取基因。

4） 基因符號(hào)以NCBI的entrez gene數(shù)據(jù)庫為準(zhǔn)。基因互作關(guān)系由B軟件繪制為網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。

5） 建立一個(gè)基因互作的verb詞典，分離句子中基因互作的verb。

6） 生成A基因同義詞字典，分離句子中A基因的描述。

7） 統(tǒng)計(jì)分析基因名、互作verb和A基因同時(shí)出現(xiàn)(co-occurrence)的句子，整理列表。基因互作關(guān)系由某軟件繪制為網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。

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