CosMx™ SMI單細胞空間原位分子成像平臺，結合了超高分辨率成像技術和多靶標檢測能力，能夠在單細胞及亞細胞分辨率下對多達6000種RNA和64種經過驗證的蛋白質的空間原位信息進行可視化和定量分析。

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近日，上海生物芯片公司利用CosMx™ SMI（1000 gene panel）對人扁桃體癌樣本進行分析，目前已順利完成實驗及下游生信分析，相關數據如下所示：
 

組織FOV圈選熒光圖

CosMx™ SMI數據展示
 

從測試數據來看，在樣本選取的40個FOV中，檢測到的細胞數達到17萬多，檢測到的總轉錄本數超過35M，平均單個細胞的轉錄本約210條，單個細胞最高基因檢出數為564，靈敏度高且特異性表現較好。
 
CosMx™ SMI通過基于抗體的組織標記和AI的多模式細胞分割方法實現精確的細胞界定，在質控后實現下游的數據分析和可視化。分析內容包括空間背景下的細胞聚類分析、空間聚類分析、差異表達、空間鄰域分析及共表達分析等。
 
01 基礎分析——結果展示
 
通過選取感興趣區域進行FOV圈選，獲得每個FOV中的轉錄本信息進行分析。首先可以進行細胞聚類并結合單細胞注釋marker確定不同細胞聚類所屬的細胞類型，然后通過空間聚類分析，確定細胞類型的空間分布以及每個FOV中各細胞類型的占比，并通過差異分析，比較組織不同空間區域的細胞類型及基因表達差異，從而確定關鍵細胞類型的空間分布及關鍵靶點。
 

細胞分割圖

細胞聚類分析

空間聚類分析

不同FOV中各細胞類型的占比
 

還可以進行細胞共鄰域分析（CNA）分析，通過識別轉錄空間中的小區域組（被稱為鄰域）在不同樣本中的豐度共同變化，識別相關的細胞群，描述不同樣本的主導變化軸，從而更準確地識別疾病相關的細胞狀態。
  

空間鄰域分析
 

02 其他分析——結果展示
 
此外，還可以根據老師的具體的需求，實現空間背景下細胞共定位、細胞通訊、信號通路、空間網絡及可視化等分析，更加深入探索組織背后的生物學信息。
 

基因共表達分析

細胞共表達分析

通路分析

CosMx SMI系統具有簡單的樣本制備流程和穩定的原位雜交化學原理，能夠兼容多種組織類型的檢測，包括新鮮冷凍組織（FF）、福爾馬林固定石蠟包埋組織（FFPE）以及組織芯片（TMA）等。目前已有panel能夠實現對1000種RNA和64種蛋白進行檢測，并且已推出提供6000種RNA檢測方案（已可進行預訂采購），在保留靶標基因在組織原位空間信息的基礎上，實現更高的基因組覆蓋度，支持研究人員透徹解析組織和細胞異質性，深入研究背后的生物學功能，發現重要的生物標志物。