Ribo-seq技術原理與應用方向
Ribo-seq技術原理
人，小鼠，豬，家蠶，果蠅，擬南芥，煙草，毛白楊，胡楊，甘薯，甲藻等
翻譯（Translation）是基因表達的關鍵步驟，是指信使RNA（mRNA）攜帶的遺傳信息被核糖體解碼并轉化為特定氨基酸序列的過程。蛋白質翻譯的調控是高度精準、多層次、動態化的過程。
在全基因組水平上，轉錄與翻譯經常存在顯著差異。通過轉錄組測序鑒定的上調表達基因中，只有其中20%在蛋白水平上調。
核糖體印跡測序（Ribosome profiling, Ribo-seq），能夠精細解析細胞內的翻譯過程。Ribo-seq的技術核心是識別與核糖體結合的RNA，以及正在被翻譯的約30個核苷酸。對核糖體結合的RNA片段進行測序，能夠精確記錄核糖體在翻譯過程中的位置。將轉錄組與Ribo-seq數據聯合分析，可以計算量化蛋白質的合成速率。通過Ribo-seq分析，能夠鑒定新型的uORF、microPeptide、發現新穎的翻譯調控機制以及能夠被翻譯的lncRNA。
Ribo-seq已經應用于解析生長發育與分化、疾病發生機制和抗逆分子機制的研究。
應用方向
Ribo-seq應用于研究轉錄本的翻譯活性、鑒定翻譯起始位點、密碼子使用、ORF位置和mRNA的翻譯調控機制。
Ribo-seq技術已經廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長發育、形態建成、疾病發生、逆境脅迫響應的調控機制。總之，Ribo-seq能從基因組水平檢測正在翻譯的mRNA序列信息，揭示核糖體在mRNA上的位置和翻譯活性，并幫助解析翻譯調控機制。
藍景科信優勢
在全基因組水平上，轉錄與翻譯經常存在顯著差異。通過轉錄組測序鑒定的上調表達基因中，只有其中20%在蛋白水平上調。
核糖體印跡測序（Ribosome profiling, Ribo-seq），能夠精細解析細胞內的翻譯過程。Ribo-seq的技術核心是識別與核糖體結合的RNA，以及正在被翻譯的約30個核苷酸。對核糖體結合的RNA片段進行測序，能夠精確記錄核糖體在翻譯過程中的位置。將轉錄組與Ribo-seq數據聯合分析，可以計算量化蛋白質的合成速率。通過Ribo-seq分析，能夠鑒定新型的uORF、microPeptide、發現新穎的翻譯調控機制以及能夠被翻譯的lncRNA。
Ribo-seq已經應用于解析生長發育與分化、疾病發生機制和抗逆分子機制的研究。
應用方向
Ribo-seq應用于研究轉錄本的翻譯活性、鑒定翻譯起始位點、密碼子使用、ORF位置和mRNA的翻譯調控機制。
Ribo-seq技術已經廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長發育、形態建成、疾病發生、逆境脅迫響應的調控機制。總之，Ribo-seq能從基因組水平檢測正在翻譯的mRNA序列信息，揭示核糖體在mRNA上的位置和翻譯活性，并幫助解析翻譯調控機制。
藍景科信優勢
- 實驗周期快、質量高、結果穩定可靠。
- 豐富的物種經驗。
分析內容
標準生信分析
（1）原始數據過濾與測序質量評估
（2）比對去除rRNA、tRNA、sRNA等
（3）Reads長度分布統計與長度過濾
（4）比對參考基因組
（5）測序飽和度分析
（6）ORF在基因組上的分布統計與分類
（7）三堿基節律分析
（8）翻譯基因統計與表達量分析
（9）樣本關系分析
（10）組間差異翻譯基因分析
（11）差異翻譯基因的GO和KEGG功能富集分析
（12）ORF的翻譯潛力分析
（13）ORF的特征分析
Ribo-seq與RNA-seq的聯合分析
（1）翻譯效率計算
（2）Ribo-seq與RNA-seq的相關性分析
標準生信分析
（1）原始數據過濾與測序質量評估
（2）比對去除rRNA、tRNA、sRNA等
（3）Reads長度分布統計與長度過濾
（4）比對參考基因組
（5）測序飽和度分析
（6）ORF在基因組上的分布統計與分類
（7）三堿基節律分析
（8）翻譯基因統計與表達量分析
（9）樣本關系分析
（10）組間差異翻譯基因分析
（11）差異翻譯基因的GO和KEGG功能富集分析
（12）ORF的翻譯潛力分析
（13）ORF的特征分析
Ribo-seq與RNA-seq的聯合分析
（1）翻譯效率計算
（2）Ribo-seq與RNA-seq的相關性分析
（3）翻譯效率與轉錄水平的關聯分析
Clean reads長度統計
Reads在參考基因組不同區域的分布
P-Site分析
ORF分析
ORF翻譯潛力分析
ORF特征鑒定
uORF對annotated ORF的影響
Ribo-seq與轉錄組數據聯合分析
已做物種我們的優勢
● 實驗周期快、質量高、結果穩定可靠。
● 豐富的物種經驗。
人，小鼠，豬，家蠶，果蠅，擬南芥，煙草，毛白楊，胡楊，甘薯，甲藻等
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