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ToolBox在差異分析中火山圖上標(biāo)記基因并局部放大的方法

瀏覽次數(shù):1927 發(fā)布日期:2023-10-17  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

在差異分析中,我們有時(shí)會(huì)著重關(guān)注上調(diào)/下調(diào)差異基因,并會(huì)在火山圖上標(biāo)注感興趣的基因。借助SBC ToolBox在線繪圖工具,我們可以在火山圖上標(biāo)注基因,并將指定區(qū)域放大展示。

 

火山圖

登錄站點(diǎn):

https://www4.shbiochip.com/V2023/SCTP/STV/

火山圖橫軸為log2FC,縱軸為顯著性p-value,紅色點(diǎn)代表顯著上調(diào)基因,藍(lán)色點(diǎn)代表顯著下調(diào)基因。

圖片

首先上傳畫圖數(shù)據(jù),格式如下(需要有表頭):

圖片

數(shù)據(jù)上傳完畢后,點(diǎn)擊“提交分析”,即可在“輸出結(jié)果展示”界面看到默認(rèn)參數(shù)下生成的圖片。在“參數(shù)調(diào)整設(shè)置”中可以對(duì)圖片進(jìn)行自定義調(diào)整,例如點(diǎn)的顏色/大小/透明度、差異基因篩選標(biāo)準(zhǔn)、坐標(biāo)軸名稱、主題、界限顏色/寬度/類型。

圖片

將主題改為Bw,背景增加灰色網(wǎng)格線。修改界限類型為虛線,并將點(diǎn)放大,得到以下圖片:

圖片

進(jìn)行基因標(biāo)注時(shí),將一列GeneSymbol復(fù)制到“基因標(biāo)記”輸入框,即可完成標(biāo)注:

圖片

 

局部放大火山圖

登錄站點(diǎn):

https://www4.shbiochip.com/V2023/SCTP/zmIn/

如果關(guān)注上調(diào)/下調(diào)差異基因,我們可以將該區(qū)域局部放大。例如要將上調(diào)基因區(qū)域放大,在“參數(shù)調(diào)整設(shè)置”中修改以下參數(shù):

圖片

生成結(jié)果如下,右邊的上調(diào)基因區(qū)域被放大,圖中仍可進(jìn)行基因標(biāo)注:

圖片

以上就是使用在線工具得到的繪圖結(jié)果。SBC ToolBox共有七十余個(gè)繪圖工具,目前還在持續(xù)更新中,注冊(cè)后即可免費(fèi)繪制各種自定義圖片,快來(lái)看看吧。

SBC ToolBox:https://www4.shbiochip.com/SBCToolBox/

發(fā)布者:上海生物芯片有限公司
聯(lián)系電話:400-100-2131
E-mail:marketing@shbiochip.com

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