10x FFPE樣本單細胞解決方案在癌癥研究中的應用
胰腺上皮內瘤變(PanIN) 是一種從福爾馬林固定和石蠟包埋(FFPE)標本診斷出的胰腺導管腺癌(PDAC)前惡性腫瘤，限制了基于單細胞的研究。2022年7月16日，一篇發表在bioRxiv上題為“Spatial transcriptomics of FFPE pancreatic intraepithelial neoplasias reveals cellular and molecular alterations of progression to pancreatic ductal carcinoma”的預印本文章，通過將單細胞轉錄組數據與10x Visium FFPE空間轉錄組數據進行結合，開發了一種新的FFPE樣本空間轉錄組分析方案，并輔以兩種新的轉移學習方法。第一種是將細胞類型分配到ST點并整合轉錄特征，表明PanINs被 PDAC癌相關成纖維細胞(CAFs)亞型包圍，包括罕見的抗原呈遞CAFs。第二種是將 ST PanIN數據與PDAC scRNA-seq數據整合，確定了隨著PanINs向PDAC的進展，炎癥和增殖信號之間的轉移。本研究首次確定了PanINs中類似的 CAF群體和相關的分子變化，它們可能是癌前轉化為PDAC的早期介質。這種集成的實驗和計算方法提供了通過集成成像、ST和scRNA-seq數據集來開發PDAC發展和進展模型的方法。
上面這篇預印本文章中的研究人員提到，由于scRNA-seq方法對細胞活性有要求，該技術目前不兼容FFPE樣本，使他們無法直接進行PanINs分析。在此小編向大家透露一條好消息，FFPE樣本也可以做單細胞啦！10x Genomics近期推出了一種針對FFPE樣本做單細胞轉錄組測序的解決方案，下面帶大家看一下10x測試的初步數據。
將一塊浸潤性導管癌組織進行切割后用手工解離和酶消化相結合的方法將其分離，然后使用10x今年推出的單細胞固定RNA分析試劑盒進行樣本固定后進行單細胞轉錄組測序，通過對數據進行處理，得到了多種細胞類型，從圖中我們看出，從該FFPE樣本中可以檢測到很多免疫細胞。
乳腺癌是一個高度異質性的疾病，為了指導預后，常常采用TNM分期、臨床病理指標，后來由于高通量數據的產生，多基因預測成為了一個新途徑。傳統方法通常是基于bulk水平根據signature對癌癥進行分類，現在將signature應用于該數據集中的每個細胞群，將每個群與 PAM50 基因特征相關聯，結果顯示實際上只有一個細胞群17與癌癥亞型顯示出強相關性，而其他細胞群與正常特征相關。之前有文獻對新鮮樣品進行過此類分析，但在FFPE樣本的數據上發現這一點，可以使研究人員將其應用于大量生物庫FFPE 樣本，解鎖更多存檔樣本。
FFPE方法是外科病理標本收集和保存的標準方法，這些樣本被病理學家用于確定FFPE切片上疾病的可視化特征，通常這些樣本可以與有價值的元數據聯系起來，如患者信息記錄、使用的藥物，甚至臨床結果。在這些縱向樣本上以單細胞分辨率觀察轉錄組基因表達的能力將為研究疾病進程增加一個全新的信息軸，相信10x推出的這種適用于FFPE樣本的單細胞解決方案可以解鎖更多臨床存檔樣本，帶來更多全新的研究發現！想要了解更多詳細信息，歡迎聯系我們！電話：010-84409661，郵箱：marketing@emtd.com.cn。
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