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10x Genomics Visium FFPE空間基因表達解決方案介紹

瀏覽次數:2450 發布日期:2021-8-12  來源:怡美通德公眾號
        FFPE (Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded)指的是用福爾馬林固定、石蠟包埋樣本的方法。由于可以在常溫狀態下保存很久,FFPE樣本是目前醫學領域常見的生物材料。但FFPE樣本一般存在嚴重的RNA降解,福爾馬林的固定容易使組織中的核酸發生不同程度的降解和分子間的交聯,石蠟的高溫滲入過程又進一步加速了核酸的降解,保存的時間及環境對樣品中核酸的完整性也有很大影響,這對于研究者們進行科學發現來說無疑是很大的挑戰。
     
       10x Genomics的Visium空間基因表達解決方案是一種結合組織學和表達譜信息來定位和量化組織中基因表達的方法。針對FFPE樣本,采用靶向基因的探針對的RNA模板連接,對人和小鼠FFPE組織切片上的全轉錄組進行高度特異且靈敏的檢測,可在形態背景和空間組織中發現新的細胞類型和生物標志物,揭示腫瘤、神經科學等領域復雜的組織異質性。



        在準備構建文庫時,對捕獲區域的FFPE組織進行透化處理,以釋放出連接的探針對,使其與玻片上的捕獲探針雜交,從而實現基因表達信息的捕獲,延長探針對以摻入空間條形碼,并制備測序文庫。


       
       通過10x Genomics提供的開源軟件Space Ranger來處理數據,可將空間基因表達信息與組織圖像相疊加,并通過Loupe Browser可視化軟件來實現交互性地探索結果,進而分析和了解基因與蛋白表達的異質性。



產品亮點
  • 針對RNA降解的FFPE樣本,可同時獲取空間位置和基因表達信息;

  • 無需購買10x Genomics儀器,節省費用;

  • 無需預先選擇ROI(region of interest),可對整張組織切片進行無分析;

  • 分辨率高,每個spot可涵蓋1-10個細胞

  • 提供從樣本制備到數據分析的完整解決方案



 

       10x Genomics是一家生命科學技術公司,致力于對生物學進行研究,理解和掌握從而促進人類健康。該公司的綜合解決方案包括用于分析生物系統的儀器、試劑耗材和軟件,其所能提供的分辨率和規模與生物學的復雜性相匹配。10x Genomics的產品已被全球的研究人員所采用,其中包括全球100強研究機構和全球20強制藥公司,并被2800多篇有關腫瘤、免疫學和神經科學等發現的研究論文引用。公司的專利組合包括超過1100項已發布的專利和專利申請。       
       北京怡美通德科技發展有限公司是一家專業代理生物技術產品的分銷公司,在NGS及相關技術領域具有近20年為廣大科研客戶提供專業產品和服務的經驗。目前為10x Genomics北區的官方授權代理商,負責10x Genomics產品在相關區域內的銷售、市場推廣以及售前售后技術服務等,為客戶提供10x Genomics單細胞和空間多組學測序的Demo實驗、平臺建設、技術咨詢、試劑周轉供貨、實驗操作和生物信息學培訓、儀器保修和售后問題解決等專業服務。歡迎通過如下方式聯系我們,電話: 010-84409661,Email: marketing@emtd.com.cn。

發布者:北京怡美通德科技發展有限公司
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標簽: 10x Visium FFPE
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