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如何快速查找LncRNA序列

瀏覽次數:6111 發布日期:2018-11-28  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負
找LncRNA序列的網站有很多,包括Genebank,Ensembl,RefSeq,UCSC數據庫等。今天,小編就給大家講講如何通過LncRNA ID號查找LncRNA的序列。
 一.根據LncRNA來源數據庫,進入相應鏈接。
1. Genebank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Ensembl:http://asia.ensembl.org/index.html
3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/
 二.根據“gene_id”查看LncRNA在所屬數據庫的ID號。 
1. Genbank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
紅框內輸入gene_id號,點擊search。假設gene_id為AK009210。
 
點擊FASTA鍵,復制獲取序列。
 
 2. Ensmbl:http://asia.ensembl.org/index.html
選擇物種類別,詳見Report-Sequence_Results-Supplementary(可選項)。紅框內輸入gene_id號,點擊GO。假設gene_id為ENSMUSG00000099021。
 


 轉到Genbank,復制獲取序列。
 3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
紅框內輸入gene_id號,點擊search。假設gene_id為C630043F03Rik。
 
點擊FASTA,獲取序列信息。
 
 4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/
Genomes下拉菜單選擇參考基因組,一般人類選擇hg19,鼠選擇mm10。
 
 紅框內輸入gene_id號,點擊search。假設gene_id為Ivns1abp,點擊go。
 
 點擊下圖的紅框。
 
 點擊下圖的紅框。
 
 選擇mRNA,復制獲取序列信息。
 

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