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博普特植物表型組學多維度解決方案介紹

瀏覽次數:9036 發布日期:2019-8-2  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

未來幾十年中,由于人口暴增、氣候變化、耕地限制、環境資源短缺等因素的影響,人類面臨巨大的糧食挑戰。需要從兩方面考慮來提高作物生產力:改良育種和栽培管理。對作物功能的描述和深入理解是有效改良育種和優良栽培管理的基礎。將作物功能性狀與基因組關聯起來,將加速針對特定環境和管理方式的設計育種過程,以及加速遺傳資源的挖掘過程。同理,對植物功能的深入了解將較大作物的栽培管理。作物功能模型可以集聚上述知識,特定環境下的植物生長管理。

植物表型

指的是植物遺傳在特定環境下表達出來的植物特性,包括結構、生化、能量傳遞過程等。植物表型組學可以認為是研究植物表型特征的科學,涵蓋器官、植株、冠層功能等多種尺度。

植物表型組學是一種跨學科的科學,涵蓋生理學、生物學、遺傳學、統計學、計算機科學、計量學和其它相關學科。

植物表型成像系統的出現是學科發展的必然結果,便攜式、經濟型植物表型分析設備已經成為一種趨勢,在田間長期值守的進行數據采集的設備廣受研究人員關注,在這個領域Aquation的自開合葉綠素熒光值守測量系統、Videometer Portable手持式多光譜測量系統以及Hiphen IoT田間多光譜測量值守系統代表了業界較高水準,田間環境表型分布式測量系統,也逐漸為廣大客戶所接受。

WIWAM溫室植物表型成像系統集植物自動傳送技術、自動澆灌稱重技術、葉綠素熒光成像技術、多光譜激光雷達成像技術、高光譜成像技術、RGB成像技術,同時可實現根窗技術全自動根系表型觀測,高通量、無損傷、全自動、實驗觀測分析植物形態結構與生理功能形狀表型,成為先進表型組學與遺傳育種先進科研機構的重要平臺,如比利時VIB所、比利時根特大學、澳大利亞表型組織、拜耳作物等等。

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WIWAM移動式植物表型成像系統

WIWAM Mobile移動式植物表型成像系統(WIWAM Mobile)為先進大型移動式植物表型成像系統,4輪驅動,以便于大田移動,適于溫室及野外作物原位表型成像分析測量,具備WIWAM幾乎所有成像分析功能及表型大數據數據庫等。標配為RGB成像分析、葉綠素熒光成像分析、多光譜成像,可選配高光譜成像、紅外熱成像、激光雷達成像等功能模塊,成像高度可調(標配較高植株高度可達1.5m),是田間作物高通量表型分析、植物生理生態研究的重要儀器設備,因采用了適合田間的傳感器,可直接對野外植物或田間栽培作物進行原位成像測量分析。

WIWAM Imaging Box臺式植物表型成像系統

WIWAM臺式植物表型成像系統具備所有WIWAM植物表型成像分析功能,包括3D RGB成像分析、3D多光譜激光雷達成像分析、葉綠素熒光成像分析、高光譜成像分析(400-1700nm)、紅外熱成像分析,可進行對植物進行3維表型成像分析。適于實驗室或溫室作物表型成像分析研究。

Phenomobile移動式植物表型成像分析平臺

Phenomobile移動式植物表型成像分析平臺戶外植物表型成像分析專門設計,采用手工推動或馬達腳輪驅動方式,方便大型溫室內或戶外不同區域間移動使用,較大地提高了載樣方便性和使用效率,所采用傳感器為適應戶外使用傳感器,可在自然光條件下對植物樣品進行成像分析,Phenomobile標配包括4個功能模塊:多光譜成像模塊、3D激光掃描三角測量、RGB 3D成像測量、高光譜成像模塊,以提供完備的作物表型3D建模與成像測量分析。

Phenomobile全自動植物表型成像機器人

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 全自動植物表型成像機器人系統Phenomobile

該Phenomobile植物表型成像車為法國Hiphen公司自主研制,專有軟件分析系統,是當今世界上自動化程度較高、較先進的高通量田間表型成像系統。

系統設計可在2.5m寬通道運行,遠程聚焦可達12m,可向各個方向移動,測量頭高度可在1.0-4.5m之間進行調整。Phenomobile可沿微型田塊按照預設軌跡運行,因彩頁了RTK GPS定位,精度可達厘米級。

技術參數

重量

7.85t

轉彎半徑

    3m

2.46m

通量

大于100個微型田塊/小時

5.2m

驅動

柴油驅動液壓與電氣系統

3.15m

履帶

4個動力轉向履帶

較大速度

12km/h

溫控

空調箱

自主運行

10h

履帶設計

履帶設計防破壞土壤

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田間多光譜表型測量平臺

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Hiphen田間物聯網IoT是無線傳感器的少有組合,用于不間斷監控植物和環境狀態。Hiphen解決方案之一就是實現田間試驗的實時監控。土壤和環境條件是植物生長的重要因素,Hiphen的IoT系統設計了各種傳感器,包括氣象、土壤條件、PAR以及RGB圖像,數據15分鐘傳輸一次。日常數據和圖像由田間IoT傳感器采集,圖像處理后,獲得的有價值變量用于試驗決策支持。變量以易于解讀的圖表在Hiphen科學網站界面上顯示,每天進行較新。

以下是采用該IoT系統對西紅柿NDVI植被指數、土壤濕度、土壤溫度等進行監測的實例

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Airphen遙感植物表型分析平臺

 Airphen遙感植物表型分析平臺搭載Airphen多光譜相機、RGB成像、紅外熱成像等單元組成的近地遙感植物表型成像分析平臺,可與地面Hiphen IoT、地面環境遙感平臺、葉綠素熒光長期監測系統等組合使用,從葉片水平到冠層水平,全面、高通量、無損傷觀測分析植物表型。作為世界較先進多光譜成像系統Hiphen公司中國區總代理和技術中心,博普特將為廣大客戶提供從溫室到室外、從便攜到高通量的植物表型成像產品和系統解決方案。

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臺式多光譜植物表型成像系統

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VideometerLab型多光譜表型成像系統多光譜成像傳感器是近幾年研究用于監測不同環境中農作物和植被的有效工具。植物的生理學,形態學或生物化學信息可以通過非接觸的方式以及不同尺度下評估。例如,利用多光譜傳感器用于植物表型分析或有效農業中的生理脅迫研究。多光譜成像傳感器是近幾年研究用于監測不同環境中農作物和植被的有效工具。植物的生理學,形態學或生物化學信息可以通過非接觸的方式以及不同尺度下評估。例如,利用多光譜傳感器用于植物表型分析或有效農業中的生理脅迫研究。截至目前,市面上有各種非成像和成像高光譜傳感器可供選擇,這些儀器進行測量的過程相當復雜,高光譜數據處理復雜,迫切需要波段較多的手持式多光譜表型成像系統,因此,現代化檢測及研究中對易于用戶操作的多光譜傳感器的需求日益增加。 Videometer可一致地獲得了高質量多光譜數據。同時,Videometerlab還可以實現對植物表型的鑒定以及病害研究檢測等。

1、Videometer Portable 多光譜表型成像系統對小植株的生理脅迫研究

通過植被指數可評估不同狀態下植被的生理結構和功能特性,包括生物量、冠層結構、葉面積指數、葉綠素含量以及植物冠層的光利用效率等。研究表明,Videometer 可用于擬南芥中葉綠素(NDVI)和葉黃素(PRI)的含量的檢測,并能有效評估植株樣本的狀態。通過驗證具有代表性的植被指數,可為其它植被指數的評估計算提供樣例,并為在植被研究領域獲得較多生理信息奠定了基礎。

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2、Videometer對種子病害的研究

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Videometer 可對種子真菌感染,如鐮刀菌感染情況進行研究,例如病斑所占比例等。

 3.Videometer大麥白粉病的研究

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歌本哈根大學的專家利用Videometer多光譜表型研究平臺在Frontiers in Plant Sciences 上發表了名“Screening of Barley Resistance Against Powdery Mildew  by Simultaneous High-Throughput Enzyme Activity Signature Profiling and Multispectral Imaging”的文章,研究人員利用了Videometer公司開發的多光譜表型研究平臺,波段范圍從400-1000nm,共計10個波段。

多光譜成像作為非接觸式的測量傳感器,在植物疾病嚴重程度與宿主植物對特定植物病原體的易感性的評估方面有很大的應用。根本哈根大學利用Videometer設備研究利用其評估了不同大麥品種在冠層尺度上的白粉病嚴重程度,并通過多光譜成像結合數據分析方法評估品種的不同疾病嚴重程度。

VideometerMR根系多光譜成像系統

根系是植物的重要組成部分,植物吸收土壤中的水分與養分全依賴根系,所以根系的研究對于植物各學科來說都至關重要,根系是陸地生態系統“隱藏的一半”,而且是動態生長的,對其進行準確取樣、觀察和測定存在一定困難。所以,根系研究方法的選擇,相對于對地上部分而言對研究結果具有較大的影響。 丹麥Videometer公司開發的根系多光譜原位監測系統是世界目前先進的一款根系多光譜測量系統,整體性能指標處于先進水準,已經在丹麥歌本哈根大學使用并取得了較佳的效果。

廣大科研工作者為了研究根系,應用了很多方法,從傳統的挖掘法、根鉆法、玻璃壁法、容器法等等,到現代的根窗法、微根管法等等,取得了很多科研成果。隨著科技的發展,越來越多的現代高精尖技術應用到根系研究中來,多光譜成像技術就是其中一種,它集光譜和圖像為一體,含有海量的光譜信息和空間信息,這些信息體現了植物各種器官、組織的諸多表型特性,該技術圖譜合一的特性使其在根系表型方面具有較大潛力。

丹麥Videometer公司開發的根系多光譜原位監測系統,是做根系研究的革新性專業裝備,無論對于淺根系蔬菜還是淺根系喬木,都具有現實性研究意義。目前在根系研究領域中,對于玉米根系和小麥根系所作的研究比較多,但大多還采用傳統不可重復的挖掘方法。植物根系原位監測儀的出現,改變了這種情況,使得植物研究人員在對根系進行研究的過程中,可以使用原位的方式,無損傷的進行監測。

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根系是植物主要吸水、營養物等器官,通過對根系監測和研究,能優化水肥方案,農作物、林業等產業增產增效,有利于土地荒漠化治理、土壤修復等。但長期以來,對根系研究主要是采用挖掘法、土鉆法、土柱法、容器法、剖面法等傳統方法,采樣破壞性大、工作量大,嚴重阻礙了根系研究的深入開展。《科學》雜志曾出版專輯認為,“人類對自己腳下土壤的了解遠遠不及對宇宙的了解”,較是佐證了地下生態學研究難度之大。因此,對根系研究方法的選擇和改進,對科研結果影響巨大。

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丹麥根本哈根大學科學家等利用多光譜成像系統對植物植株、根系進行成像研究,取得了前瞻性的成果。

該研究以深根系大麥為研究對象,將大麥下方埋了有3m長的微根管,使用Videometer公司的Videometer MR多光譜成像系統,定期通過根窗透明面對根系成像分析。原始光譜圖像經過Videometer自帶軟件一系列算法處理后得到目標根系圖像,隨后進行閾值分割、模糊聚類等模型分析,得到根系的形態學數據。

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傳統的RGB可見光成像技術是利用顏色識別根系,前提是根系和土壤之間要有比較明顯的色差,但實際根系生長在土壤中,顏色差異并不明顯,這樣根系識別可能會造成比較大的誤差,RGB可見光成像技術使用就會受限。歌本哈根將多光譜成像技術和傳統的RGB成像技術進行了對比,顯示多光譜成像技術基于光譜特征在根系識別上的明顯優勢,并且對多光譜成像另一項先進的功能進行了初步探討——即光譜特征對于根系生化特性的識別(例如細根發生、成熟、衰老、死亡的周轉過程;例如根際分泌物成分的變化等),顯示了多光譜成像技術在根系研究領域的巨大潛力。

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Videometer系列多光譜成像系統廣泛應用于:植物/作物表型組學研究分析;根系分析;作物育種與種子品質檢測;植物/作物脅迫生理響應;作物病理學分析與病原檢測;食品檢測;中藥成分分析與品質檢測。來自哥本哈根大學、丹麥理工大學以及丹麥Videometer公司的專家在剛剛利用該設備在Plant and Soil上發表了題為A multispectral camera system for automated minirhizotron image analysis的文章,早些利用該設備進行研究的文章題為Frontiers in Plant Sciences,Screening of Barley Resistance Against Powdery Mildew  by Simultaneous High-Throughput Enzyme Activity Signature Profiling and Multispectral Imaging。

Frauhofer植物根系計算機CT斷層掃描系統

基于X光的計算機斷層掃描技術(CT)廣泛應用于科學研究各個領域,如制藥、納米科學、材料科學以及植物科學等領域。得益于X光CT技術,在農業以及植物科研進展也十分迅速。X光CT成像方法使得高通量、無損、無干擾測量植物根系統成為可能,也使得植物生長期間對下游復雜機制的研究成為可能。到目前為止,已經采集到大量植物CT掃描數據,但如何有效、有效對其進行分析,還面臨著挑戰。科研人員經過對植物根系3D CT斷層掃描的有效的統計以及計算方法進行了回顧。基于圖像的植物根系分析方法劃分如下 (1) 根分區切割,例如,(1)將根系與非根背景區分;(2)根系統重建;(3) 提取高層級表型性狀。

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在設備開發領域,德國Frauhofer研究院毫無疑問處于執牛耳的位置,專門成立的植物表型研究團隊開發了系列適用植物科學研究的計算機斷層掃描系統,如便攜式計算機掃描系統,臺式高精度計算機斷層掃描系統以及落地式大成像面積計算機斷層掃描系統以及高通量根系表型斷層掃描系統。

北京博普特科技有限公司擁有較全面植物表型成像產品和系統解決,致力于為植物表型組學發展提供較全面的一站式解決方案。

發布者:北京博普特科技有限公司
聯系電話:010-82794912
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