在自身免疫疾病診斷行業中，利用對應抗原對自身免疫疾病的檢測是目前主流方法。目前市場中，用于檢測產品開發的抗原原料主要分為重組表達和天然提取2個來源，但現階段很多人對天然自身抗原和重組自身抗原在研發和生產中尤其是在自身免疫疾病檢測的應用中的區別，并不清晰，雖然重組表達的抗原具有一些優勢，比如產量高，批次相對穩定等，但也有很明顯的缺陷，下面將從不同方面陳述。

 

·  重組自身抗原通常不具備正確的構象

 

大量文獻證明，許多自身抗體和自身抗原是通過一種構象依賴的方式（conformationally-dependent manner）進行結合的。這種現象在組織特異性自身抗體中非常常見（如thyroid），并且越來越多研究證明自身抗原的三級和四級結構在許多全身性自身抗體（ENA或ANCA）的結合中起到重要的作用。科學文獻中還列舉了很多這樣關于重組自身抗原的例子，雖然他們具有正確的一級結構并且可被認為是“可溶性蛋白”，但是他們經常不能夠有效地與他們相應的自身抗體結合。Sm，Ro60 (SSA)，proteinase 3 (cANCA)等抗原是證明在構象方面天然抗原優于重組抗原的很好的例子。

 

·  重組自身抗原存在聚集和溶解度問題

 

外源蛋白的過度表達通常是宿主細胞的失穩過程。表達的蛋白通常被釋放到細胞外或被劃分到內含體中。宿主細胞對外源蛋白的中和通常導致聚集現象和溶解度的降低。聚集和溶解度問題對已純化的自身抗原在下游中的應用造成很大影響，并且是造成檢測差異性的重要原因。

 

·  重組自身抗原中缺少或改變了非蛋白體的結合

 

很多證據證明，許多與天然自身抗原結合的非蛋白體與自身抗原結合相關。例如Sm，RNP，SSA和SSB都結合了一種特殊的RNA分子。是否重組自身抗原也結合了這些特殊的非蛋白體還不清楚。如果他們確實也有這些分子結合，這些分子也是源于宿主細胞。而天然哺乳動物復合體與自身抗原和細菌RNA復合體的抗體反應過程是不一樣的。

 

·  重組自身抗原的翻譯后修飾過程通常存在缺陷

 

雖然許多表達系統能夠準確表達目的蛋白的一級結構，但通常不具備如人或哺乳動物細胞的翻譯后修飾過程（如磷酸化，糖基化，酰化，二甲基化，瓜氨酸化等）。例如，Sm抗原在降解的情況下（Western Blot）也可與病人的自身抗原有效結合，但重組抗原結合的效率就會大大下降。通常認為，只有哺乳動物細胞可以對哺乳動物蛋白進行合理的翻譯后修飾。

 

·  宿主細胞蛋白污染

 

雖然許多重組自身抗可以達到很高的純度，但是一些雜志的類型會起到干擾作用。由于宿主細胞殘留蛋白可與抗體反應，重組自身抗原會導致假陽性的結果。通常情況下，待檢測個體種屬與宿主細胞種屬相差越遠，造成假陽性結果的可能性越大。不同種屬假陽性的發生率可總結為：細菌≈酵母>>昆蟲>哺乳動物≈人。

 

·  融合配合體可能造成干擾

 

絕大多數重組蛋白是與一些多肽或者蛋白作為融合配合體被表達的，這樣可以簡化純化過程。很多時候，健康個體的抗體可與細菌表達的融合蛋白（如β-牛乳糖，谷胱甘肽-S-轉移酶）結合，因此造成假陽性結果。

 

天然自身抗原具有諸多優勢，而且生產難度更大，所以許多人會認為重組自身抗原一定價格更便宜，其實不然：

 

1.使用一些經濟的表達系統（如大腸桿菌，酵母等）表達的自身抗原已經被證實存在諸多缺陷（假陽性，錯誤構象等），所以需要使用成本高很多的真核表達系統（如桿狀病毒，哺乳動物細胞）。

 

2.高純度自身抗原市場還沒有大到需要大規模生成的程度。因此重組自身抗原高昂的開發成本和相對較小的市場規模，導致重組自身抗原的單價非常高。

 

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