采用聚合酶鏈反應等手段在體外獲得成套抗體可變區輕重鏈基因，將這些基因重組入一定的載體，轉入適當的受體細胞或噬菌體中，這些抗體基因克隆的集合體稱為抗體文庫。從該文庫中能夠表達和篩選出所需的單克隆抗體。

納米抗體文庫就是將抗體文庫構建過程中的抗體序列換成了納米抗體的序列，轉入適當的受體細胞或噬菌體中即可得到相應文庫。

納米抗體文庫的分類和傳統抗體文庫的分類一致，都可分為——免疫文庫，天然文庫和合成文庫。下邊我們一一介紹：

免疫納米抗體文庫就是要用特異的抗原對駝科動物進行免疫，通常需要免疫5次，大概需要6-8周，免疫之后取頸靜脈血，分離PBMC/淋巴細胞提取rna，反轉錄獲得cDNA，擴增VHH基因序列，將基因序列克隆至噬菌體展示載體，轉化大腸桿菌即可獲得免疫文庫，文庫庫容通過長出的轉化子個數來確定。之后利用該展示文庫篩選表達目的抗體的噬菌體，去除不表達目的抗體的噬菌體，通過pcr擴增和單克隆測序來檢測文庫的抗體基因插入率和文庫多樣性。

圖1 免疫納米抗體文庫

在一些抗原無法進行免疫的情況下（比如抗原沒有免疫原性或者抗原含有毒性），天然納米抗體文庫就比較有優勢了。

天然文庫不需要制備抗原對動物免疫，僅僅采集年輕健康的駝科動物的頸靜脈血分離淋巴細胞提取RNA或者提取脾臟的RNA進行反轉錄獲得cDNA，對VHH抗體的基因片段進行PCR擴增，將基因片段克隆至嗜菌粒載體上，轉化TG1即可獲得天然納米抗體文庫。因為使用了嗜菌粒載體，所以需要用輔助噬菌體（M13KO7、R408和 VCSM13）進行超染，才能使插入的基因展示在噬菌體表面。之后確定庫容、篩選、鑒定文庫的抗體基因插入率和文庫多樣性和之前說過的免疫納米抗體文庫的方法一致。

圖2 天然納米抗體文庫

然而為了得到高親和力的抗體，通常需要構建一個庫容達到10⁹-10¹⁰文庫并且其中高于80%的克隆應該都可以編碼納米抗體。為了構建一個庫容較大且文庫多樣性豐富的天然納米抗體文庫，需要同時從不同的駝科動物抽取大量頸靜脈血（如果想獲得10¹⁰不同的VHH克隆，大概需要大于10升的血液），這也導致工作量的增加。因此，構建多樣性豐富的合成納米抗體庫是更有意義的。

納米抗體合成庫的構建核心是人為創造出具有多樣性的VHH片段，大致流程如下：

(1) 選擇蛋白框架：與來自動物宿主的每個納米體都有自己的框架區域不同，來自合成納米體庫的所有納米體都需要共享相同的框架區域序列。共享的框架需要是穩定的、易表達的、高度通用的。納米抗體合成庫基本的框架是一致的，一種名為cAbBCII10的天然納米抗體已被測試為合成納米抗體文庫框架的良好選擇。

(2) 模板確定；

(3) 通過引物設計在CDR隨機突變：文庫的多樣性體現在CDR，要確定突變CDR區的數量、每個CDR區的長度。一般CDR3區是確定親和力和特異性的主要區域，可以僅對CDR3區突變，CDR3區可設計多個長度。為了防止插入終止密碼子或者發生移碼突變，目前通常使用三聯核苷酸突變技術來合成引物。

(4) 合成模板和引物：考慮到合成庫的有效性，需要保留重要氨基酸位點，比如形成二硫鍵Cys位點。設計的引物中應包含多樣性的CDR區和重疊延伸時片段之間的重疊序列。

(5) 采用不對稱和重疊PCR合成多樣性的VHH片段：合成隨機引物時，引物合成公司將在每個特定的位點添加混合堿基，每一個混合堿基池都是可以按一定比例定制。對于不同長度的CDR區，可以將每個長度制備成一個混合池，這些池可以在以后以特定的比例進一步混合，利用PCR技術重組VHH片段。

之后的文庫篩選和驗證也和之前講過兩種文庫的相一致。

圖3 合成納米抗體文庫構建及驗證