對于制藥企業而言，當某一產品生產完畢后，總會有一些微生物和少許原輔料殘留于設備中，在溫度和濕度達到一定程度時，微生物能夠與原輔料中殘留有機物出現無法物化反應，通過大量繁殖能夠形成不同類型代謝物，這些代謝物會從一定程度上影響藥物藥效甚至會產生毒副作用，從而使制藥企業每當生產一段時間或者更換產品后會存在產品質量問題，因此無論維修設備或設備空閑一段時間，需要實現設備清潔工作。對于制藥企業來說，清潔主要針對設備中殘留的微生物或者各種代謝物，其總量在不影響藥品規定的質量、藥效及安全性。
清潔管理的重要性
  我國在1998 年開始推行GMP，最終目的是能夠最大限度的降低藥品生產過程中發生交叉污染，混淆差錯以及污染的風險。制藥廠設備的清潔一直以來都是藥品安全生產的重要組成部分，設備的清潔效果直接關系到廣大藥品安全問題，2007 年上海的華聯事件可以說震撼了全國范圍內的制藥企業，經過這次教訓后，讓更多制藥企業清晰的認識到污染和交叉污染的風險。我國在2010 版的GMP中重點指出，清潔方法必須得到驗證，并且要證實清潔的效果，最大限度防止污染和交叉污染事件的發生。
清潔規程
制藥企業的清潔方式：對于藥廠企業生產設備在清潔時可分為手動和自動清潔這兩種類型，或結合兩種方法同時開展。手動清潔是由人工手持工具進行設備清潔，在清潔前需要將設備進行拆卸并轉移至規定場所完成清洗動作；自動清潔是由自動化設備按照設定流程實現設備清洗。這兩種清潔方法相比，自動清潔具有重視性較好的特點。但是在有些特定區域需要依靠人工清撿來完成，比如在批量生產車間產品方法更換與清潔方法不同時需要制定兩個規程，并且分開闡述，同樣如果生產車間用一種方法對水溶性殘留物進行清潔，而用另一種方法對水不溶性殘留物進行清潔，也應當將兩者分開給予闡述，并明確規定每種清潔方法的適用范圍。
 
藥廠清潔劑和車間消毒液
  藥廠設備清潔中所采用的清潔劑和車間消毒液必須具備對設備不腐蝕、能夠快速溶解殘留物、并且本身很難被清除，對環境無害或該清洗劑能夠被無害化處理，在選擇清潔劑時，盡可能選擇成分簡單且明確的清潔劑。
藥廠清潔和消毒程序
 藥廠在設備清潔時需要遵循一定的規程，詳細描述清潔步驟以及各環節清洗次數和水平。
藥廠清潔和消毒周期
  藥廠設備在清潔時應當有明確規定，在兩次清潔間隔時間應當獲得驗證，同時也需要針對設備連續生產時間從生產結束到開始清洗時間，以及設備下次生產的存放時間有明確規定。
制藥企業人員培訓
對于制藥企業來說，清潔人員的工作態度、操作技能以及對設備生產加工的熟悉程度等對于設備最終清潔效果是十分重要的，因此，制藥企業工作人員需要高度重視對清潔人員的培訓教育。
 
消毒和清潔驗證
在清潔驗證開發過程中，藥廠需要結合設備的生產，性能特點，工工藝等不同因素制定詳細清潔方法、規程，并針對所有從事清潔崗位的人員開展崗前培訓，并按相應的步驟和程序進行清潔驗證。
     企業在清潔管理中遇到的較大問題就是交叉感染。為了防止交叉感染事件的發生，作為制藥企業應采取合理科學的措施將風險降到最低。一方面，通過生產過程中的有效防護和控制降低風險。另一方面，對生產前一種產品完畢的設備進行徹底清潔并對設備進行定期清潔驗證，確保上一批生產藥品的設備不會影響到下一批產品的質量或對藥品造成污染。
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