脂多糖（Lipopoly saccharide，LPS）是革蘭氏陰性細菌細胞壁中的一種成分，脂多糖對宿主是有毒性的。脂多糖只有當細菌死亡溶解或用人工方法破壞菌細胞后才釋放出來，所以叫做內毒素。

三氯醋酸法（Trichloroacetic Acid，TCA）、酚水法、苯酚╱氯仿╱石油醚法（PCP）、DMSO法、高壓超聲處理法所提取的LPS或多或少受到蛋白質、核酸及多糖的污染，故需作一定的純化。LPS的純化方法目前最常用的為超速離心（4萬轉×4小時，共三次），在這一條件下，LPS可沉淀下去，而蛋白質、核酸及多糖則保留在上清液中，去除上清液即可得到較為純化的LPS。
 

但是這一方法需時較長，且質量過關的超速離心機目前在國內亦不十分普及，故而難以推廣應用。我們在實際工作中體會到，用任何方法提取的LPS，可再以PCP純化一次（140ml/g LPS），然后只需一次超離，即可取得高度純化的LPS。

提取的LPS除可被蛋白質、核酸及多糖污染外，還可被一些小分子物質，如多胺、陽離子（Ca++、Mg++、K+等）的污染。通過電透析可將這類小分子物質除去。此時形成的LPS為酸性LPS（由LPS中類脂A上的磷酸基團形成的)。應用堿中和LPS，可變成LPS的鹽。如用NaOH中和則可變成LPS鈉鹽，而應用三乙基乙胺則可變成LPS三乙胺鹽、后者極易溶解于水，已廣泛地應用于生物學研究。

綜上所述，LPS提取方法較多，應當根據菌種和實驗條件而選用合適方法。PCP法對R型菌尤顯長處，高壓超聲法雖可用于S或R菌，但方法步驟繁雜；DMSO法與TCA法已很少用到；而酚水法無論產量，純度及物理性質均較滿意的，不失為一個實用的方法。LPS純化目前一般采用PCP法及一次超速離心，應用該法可使LPS污染物包括蛋白質、核酸及多糖除去，而應用片透析方法，則可除去LPS中的小分子物質如多胺、二價陽離子，從而可得LPS轉化成實驗需要的鹽類。