引物：存在有自然中生物的DNA復制引物(RNA引物)和聚合酶鏈式反應(PCR)中人工合成的引物(通常為DNA引物)。一般所說引物，指DNA引物。引物是 PCR反應成功與否的關鍵，為了保證擴增的準確性和效率，引物設計應遵循以下原則：

                    
一、引物設計：在 NCBI上搜索不同物種的相同基因，通過序列分析軟件得到相同基因的序列，即為該基因的保守區。

二、引物長度：15-28 bp，大于38 bp時，退火溫度升高，不利于普通 Taq酶擴增

三、引物中 GC的含量為40%-60%, Tm最接近72℃

四、由于密碼子的簡并性，引物的3’端最好避開密碼子的第三位(最好是 T)

五、堿基分布不均勻，3’端不超過3 G或 C

六、引物本身不形成發夾結構，引物設計完整，要通過 BLAST驗證。

PCR擴增對模板要求不高，可以采用單鏈或雙鏈 DNA作為擴增片段，但 PCR可以擴增少量的 DNA，為保證擴增的專一性，對不同來源的模板，起始濃度有一定要求，如下：

模版可以是純化過的樣品，也可以是粗制濫造的樣品，不同來源的模版采用不同的處理方法，試驗模版純化越簡單越好，但模版中若有 Taq酶抑制劑，蛋白酶，核酸酶等，會干擾反應。取模時要注意保存，不要放置過久，避免反復凍融，防止降解。大多數人都會忽略這個問題，當實驗結果不帶條紋時，可以優先考慮是否是模板降解的原因。

實例：細菌 DNA提取法
                             

1. 取1-2 ml菌液，離心12,000 rpm 10 min，除去上清，得到沉淀

2. 根據得到的沉淀量，加入約500 ul的 TE (以下是配方)懸浮沉淀，并加入20 ul溶菌酶，30 min 37度保溫

3. 加入10%的30 ul的 SDS和1 mg蛋白酶 K，混合后1 h 37度保溫

4. 5 mol/l氯化鈉的添加量為120 ul，完全混合，65度置10 min

5. 等體積的酚：氯仿：異戊醇(25:24:1)充分混合后，12000 rpm離心5 min，在干凈的 EP管中得到上清

6. 等體積氯仿：異戊醇(24:1)充分混合，12,000 rpm離心5 min，得到上清于速凝膠管

7. 加入等體積的異戊醇，充分混合，-20℃置入30 min,10000 rpm，離心5 min

8. 除去上清液，得到 DNA沉淀用70%乙醇漂洗(動作輕柔，不產生沉淀)，吸干，通常可得到3-5 ug DNA