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2017國際植物表型網(wǎng)絡(luò)(IPPN)年度報(bào)告

瀏覽次數(shù)：1225　發(fā)布日期：2018-1-3　來源：谷豐光電

國際植物表型網(wǎng)絡(luò)（IPPN）近期發(fā)布的2017年度報(bào)告，現(xiàn)對其進(jìn)行翻譯整理與廣大植物表型專家學(xué)者分享。

摘要

IPPN旨在促進(jìn)全球范圍內(nèi)重要植物表型鑒定中心之間的討論交流，并與來自學(xué)術(shù)界和工業(yè)界的表型科學(xué)家，用戶和技術(shù)開發(fā)者進(jìn)行討論。主要活動包括：

組織第四屆國際植物表型研討會。 IPPN近年來組織了國際植物表型研討會（Canberra 2009，Jülich2011，Chennai 2014，CIMMYT 2016）。最后一次研討會CIMMYT 2016 IPPN成立之后的第一個非盈利性組織研討會（2015年12月）。
擴(kuò)展會員資格。自此，IPPN e.V.已經(jīng)成為整合植物表型活動的重要核心，從2015年11月成立以來，從17個增加到30個機(jī)構(gòu)成員。
建立和運(yùn)行專題工作組。主要議題由成立工作組的委員會成員確定。目前有五個工作組正在開展相關(guān)科研與業(yè)務(wù)活動，另有兩個正在籌備中。
表型延伸傳播活動。IPPN網(wǎng)站正在成為植物表型群落的重要信息平臺，例如，擁有表型設(shè)施的數(shù)據(jù)庫現(xiàn)在涵蓋了超過70個全球表型設(shè)備。為了進(jìn)一步傳播和促進(jìn)植物表型活動，IPPN現(xiàn)有一個Twitter賬號和一個YouTube頻道，可以觀看2016年CIMMYT主辦的第四屆IPPS演講，以及2015年巴塞羅那研討會的演講。彌補(bǔ)了未參會而又想了解前沿表型組動態(tài)小伙伴們的遺憾。
擴(kuò)展IPPN會員。目前，IPPN正致力于擴(kuò)大其會員資格，并修改現(xiàn)行法規(guī)，下一步能夠促進(jìn)工業(yè)界代表進(jìn)入表型行業(yè)學(xué)術(shù)圈交流。

Ⅰ. 2017 IPPN主要活動

1.1國際植物表型研討會（IPPS）和表型會議

1.1.1基于第四屆IPPS的特刊

參與組織第四屆IPPS的IPPN同事與Matthew Reynolds共同擔(dān)任總編，組織一期在《crop science》上的特刊。

下一步： Matthew Reynolds正在與撰寫雜志評論。

1.1.2“IPPN象征樹”

IPPN辦公室正協(xié)調(diào)在國際植物形態(tài)學(xué)研討會（堪培拉，Julich,Chennai,El Batan）的不同地點(diǎn)種植栽培樹木，并建立一個network。

1.1.3會議精簡和協(xié)調(diào)

為了精簡會議，盡量減少重疊的國際表型會議，IPPN辦公室聯(lián)系了其他會議組織者(包括Lemnatec, Phenospex, PSI, ASPB, CPPN, LatPPN等)，將重點(diǎn)放在植物表型技術(shù)本身上，并與他們討論如何協(xié)調(diào)會議。許多組織都表示有興趣與IPPN合作以減少潛在的會議沖突。Lemnatec已經(jīng)停止組織Phenodays，他們有興趣與IPPN聯(lián)手舉行未來的國際表型會議。

1.1.4阿德萊德第五屆表型組國際會議

IPPN在阿德萊德大學(xué)的同事和APPF正在就準(zhǔn)備于2018年10月在阿德萊德舉辦的第五屆IPPS與IPPN工作組合作。

1.2會員

1.2.1新成員

在大會正式批準(zhǔn)之前，IPPN歡迎新成員的加入：

德國弗勞恩霍夫研究所The FraunhoferInstitute
Noble Research Institute
以色列：希伯來大學(xué)，特拉維夫大學(xué)和魏茨曼科學(xué)研究所
日本：Kazusa DNA研究所和東京大學(xué)

下一步：IPPN成員和IPPN辦公室應(yīng)進(jìn)行互動，以進(jìn)一步增加成員數(shù)量 - 特別是在目前沒有IPPN成員的國家。根據(jù)上次IPPN委員會的建議，IPPN提出如何支持發(fā)展中國家的成員資格的建議。

1.2.2行業(yè)互動和會員選擇

大會授權(quán)IPPN執(zhí)行委員會開始與工業(yè)界討論IPPN內(nèi)潛在的相互作用。CIMMY的IPPN研討會期間，在Jülich主導(dǎo)的表型研討會上，組織了兩次面對面的會議。此外，與IPPN理事會確定的行業(yè)成員進(jìn)行了一些視頻會議討論。目前，多個工業(yè)界成員提供了加入IPPN的意向書。在討論的基礎(chǔ)上，IPPN起草了一個新版本的章程，修改成包括工業(yè)界成員。

1.3支持5個工作小組

IPPN辦公室支持他們組織部分會議（例如公告等），跟蹤活動并要求工作組的業(yè)務(wù)計(jì)劃。目前，每個工作組根據(jù)其提供的商業(yè)計(jì)劃獲得每年高達(dá)5000歐元的支持，該計(jì)劃經(jīng)IPPN董事會批準(zhǔn)。

為早期職業(yè)科學(xué)家提供旅行補(bǔ)助；

IPPN委員會決定支持早期的職業(yè)科學(xué)家提供差旅補(bǔ)助金，參加CIMMYT的第四屆IPPS，授予:

Konstantinos N. Blazakis博士，希臘干尼亞地中海農(nóng)藝研究所
Sruti Das Choudhury博士，美國內(nèi)布拉斯加州大學(xué)
Tove Sundgren女士，挪威生命科學(xué)大學(xué)

此外，在工作組活動的框架內(nèi)，還支持進(jìn)一步的早期職業(yè)科學(xué)家參加第4屆IPPS的根衛(wèi)星會議:

Saoirse Tracy博士，愛爾蘭都柏林大學(xué)
Christian Kuppe，德國ForschungszentrumJülich
Alexander Bucksch，美國佐治亞州大學(xué)

最后，在密蘇里州的IPG根生物學(xué)會議的與會者得到了根工作組框架的支持:

Shirley Nichols博士，新西蘭AgResearch
Mina Rostamza博士，普渡大學(xué)
Hannah Schneider女士，賓夕法尼亞州立大學(xué)

下一步：繼續(xù)開展這項(xiàng)活動，增加年輕研究人員參與IPPN研討會的工作。

1.4通訊

1.4.1網(wǎng)站更新

IPPN網(wǎng)站進(jìn)一步擴(kuò)展:

IPPN網(wǎng)站上的活動和新聞頁面已經(jīng)建立。所有IPPN成員都可以將新聞和活動發(fā)送到IPPN辦公室，并與整個世界分享。
平臺數(shù)據(jù)庫包含來自全球各地的70多個表型平臺詳細(xì)說明；數(shù)據(jù)庫的功能正在重新配置，以便成員可以編輯自己的平臺列表。
網(wǎng)站添加并包括IPPN內(nèi)部可下載文件。
可用于支持WG活動的會議組織。
專家數(shù)據(jù)庫即將完成，以使IPPN成員能夠描述其最新進(jìn)展和概況。

1.4.2社交媒體和互聯(lián)網(wǎng)

為了更廣泛的傳播IPPN的信息并分享同事的活動，我們建立了一個Twitter帳戶。

為了分享在IPPN活動上的談話，我們建立了自己的YouTube頻道。您可以在頻道上找到座談會和研討會的談話。

Twitter: https://twitter.com/IPPN

YouTube: https://www.youtube.com/channel/UC7uUa8CGxCuGCgT4YVUffwQ

Ⅱ. 2018年IPPN辦公室活動計(jì)劃

在2018年，如果我們把IPPN擴(kuò)大到工業(yè)界，我們將迎來大約15名新成員。這些新成員中的大多數(shù)來自于工業(yè)界，更多來自學(xué)術(shù)界，主要來自我們已經(jīng)討論過的單位。

IPPN辦公室提出：

成立新的工作小組：我們預(yù)計(jì)將啟動新的工作組，并且現(xiàn)有的工作組將開展工作，以便于2018年開展大約八到十個專門工作組活動，并得到IPPN的支持。
開展培訓(xùn)活動。IPPN還將專門與工作組密切配合，促進(jìn)培訓(xùn)活動的發(fā)展。這些活動應(yīng)針對引進(jìn)和招聘更多的年輕研究人員進(jìn)行植物表型鑒定，確定培訓(xùn)需求，并發(fā)現(xiàn)如何滿足日益增長的表型需求。
繼續(xù)支持早期的職業(yè)科學(xué)家。與前一年一樣，但由于預(yù)期會員人數(shù)增加，IPPN將進(jìn)一步支持早期職業(yè)科學(xué)家提供差旅補(bǔ)助金，以便可以在IPPN活動上展示他們的工作，例如計(jì)劃2018年在阿德萊德舉辦的研討會和其他工作小組會議。
鼓勵與工業(yè)界的聯(lián)系。為了充分利用預(yù)期工業(yè)界成員的加入，IPPN還將致力于探討專門為鼓勵和支持產(chǎn)學(xué)研交流的研討會的機(jī)會。
提高新興國家的成員資格。來自發(fā)展中國家的成員數(shù)量較低，IPPN也希望確定和開展吸引包括發(fā)展中國家成員的活動，以擴(kuò)大植物表型國際影響力。
進(jìn)一步發(fā)展溝通。IPPN還將通過專門的通訊促進(jìn)網(wǎng)站之外的溝通，收集和共享整個表型學(xué)術(shù)界的信息。

Ⅲ. 工作組

3.1低成本表型技術(shù)研究小組

目標(biāo)：本工作組側(cè)重于低成本和便捷的表型技術(shù)，以加強(qiáng)傳播現(xiàn)代表型的概念和方法。應(yīng)該解決更廣泛的植物科學(xué)和繁殖群體直接獲取和使用現(xiàn)代表型裝置和概念的需求，以滿足表型技術(shù)多樣化需求。

活動：工作組于5月15日至17日舉行了第一次研討會，該研討會吸引了來自世界各地的40多名與會者。研討會側(cè)重于低成本的表型分析方法，并且還有表型儀器實(shí)際操作的示范。工業(yè)界也有很好的代表，這可能為IPPN拓展未來的會員基礎(chǔ)鋪平道路。會議報(bào)告已經(jīng)發(fā)布在網(wǎng)站上。

2018年計(jì)劃：

主要活動將于2018年在阿德萊德召開的IPPN研討會上組織研討會。將提出講習(xí)班的概念，并須經(jīng)理事會核準(zhǔn)。
計(jì)劃在2018年繼續(xù)并完成一份涵蓋低成本方法的新興需求和示例應(yīng)用的手稿。這將是明年工作組的具體成果。

3.2表型影像工作組

目標(biāo)：工作小組的目的是通過為開發(fā)者和用戶提供一個討論新出現(xiàn)的挑戰(zhàn)、方法、技術(shù)和應(yīng)用的論壇，來推進(jìn)基于圖像的植物表型的方法研究。通過設(shè)立這個工作組，國際社會將有一個在項(xiàng)目之外進(jìn)行互動的平臺。

活動：

?)成像工作組正在運(yùn)行一系列有關(guān)主題的在線網(wǎng)絡(luò)研討會。這些網(wǎng)絡(luò)研討會旨在增加網(wǎng)絡(luò)和信息共享。會員可以觀看國際專家的現(xiàn)場對話，提問，并通過音頻和文本聊天工具討論問題。

在線研討會加入地址: http://join.me/plant-phenotyping

網(wǎng)絡(luò)研討會錄音網(wǎng)站 (https://www.plant-phenotyping.org/Imaging-Workgroup-Webinars):

6月份，影像工作組舉辦了首個網(wǎng)絡(luò)研討會。PouriaSadeghi-Tehran的演講“Field Scanalyzer：現(xiàn)代高通量現(xiàn)場表型自動化機(jī)器人系統(tǒng)”，為研討會的參與者介紹了自動化現(xiàn)場表型分析設(shè)備Field Scanalyzer。
影像工作組在8月份舉行了第二次在線研討會。計(jì)算機(jī)視覺實(shí)驗(yàn)室的成員、諾丁漢大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)學(xué)院的助理教授Michael Pound解釋了CNNs的背景，他們與傳統(tǒng)的機(jī)器學(xué)習(xí)有何不同，是什么使他們?nèi)绱藦?qiáng)大。Michael講述了他們是如何在實(shí)踐中訓(xùn)練和使用的，以及這對植物表現(xiàn)型的特殊意義。

影像工作組計(jì)劃在未來舉辦更多的網(wǎng)絡(luò)研討會，以涵蓋相關(guān)主題，旨在發(fā)揮指導(dǎo)作用，增加網(wǎng)絡(luò)和信息共享。

?)2017年10月，成像工作組在ICCV上舉行CVPPP研討會。ICCV是全球范圍內(nèi)最有聲望的國際計(jì)算機(jī)視覺會議。今年在意大利的威尼斯舉辦。影像工作組獲得了從Lemantec和Phenospex的贊助，以支持受邀演講者的旅費(fèi)。

?）成像工作小組也于7月份在瓦赫寧根開設(shè)了暑期學(xué)校。因?yàn)槭钇趯W(xué)校的重點(diǎn)是對植物的表型做一個概述，觀眾是新來的科學(xué)家和學(xué)生。

?）成像工作組活躍于網(wǎng)絡(luò)。要了解更多有關(guān)他們的活動，請?jiān)L問以下鏈接，這些鏈接可在他們的主頁上訪問(https://www.plant-phenotyping.org/ippn_wg_imaging):

網(wǎng)絡(luò)研討會：https://www.plant-phenotyping.org/Imaging-Workgroup-Webinars

博客：https://plant-phenotyping.tumblr.com/Twitter

推特：https://twitter.com/IPPNImagingWG

2018年計(jì)劃

研討會

日期待定：IAMPS @ Nottingham。目標(biāo)觀眾：注重實(shí)踐的植物生物學(xué)家

網(wǎng)絡(luò)研討會

下一次研討會正在籌備中，日期待定。
在提供離線版本之前，需澄清法律限制。

3.3根系表型工作組

目的：工作組旨在成為一個論壇，以確定根表型的科學(xué)和技術(shù)界限，促進(jìn)根表型，加快應(yīng)用于全球農(nóng)業(yè)和環(huán)境挑戰(zhàn)。

活動：為了支持早期職業(yè)科學(xué)家，根表型工作組再次向在美國密蘇里州參加IPG根生物學(xué)會議的三名受助者提供旅行補(bǔ)助（https://www.plant-phenotyping.org/travel_grant_Root_Biology_Meeting）。三名接收人是：

Shirley Nichols博士，新西蘭AgResearch
Mina Rostamza博士，普渡大學(xué)
Hannah Schneider女士，賓夕法尼亞州立大學(xué)

三名接受人在會議上出示了一張密蘇里州的海報(bào)。

該組織歡迎諾布爾研究所的Larry York作為新的委員會成員。

2018年計(jì)劃

面對面會議：

為了保持與相關(guān)國際科學(xué)會議的聯(lián)系，工作組將于2018年7月8日在ISRR國際基礎(chǔ)研究學(xué)會第十次會議上組織一次會議。欲了解更多信息，請?jiān)L問：http：//www.rootresearch.org/

田間根表型培訓(xùn)研討會

加上2018年澳大利亞阿德萊德，工作組將在第5次的IPPS上舉辦衛(wèi)星會議。

2019年計(jì)劃

根表型研討會

美國阿德摩爾的諾貝爾研究院將于2019年3月至6月舉辦一場研討會。研討會將包括發(fā)言人和實(shí)踐練習(xí)。基本根表型將包括“藍(lán)皮書”方法，根瘤菌，根冠表型，土壤取心，洗滌，掃描等。我們將嘗試解決從實(shí)驗(yàn)室到現(xiàn)場，從實(shí)惠到昂貴的方法。試著從開始到結(jié)束都要從頭開始。包括一些圖像分析和統(tǒng)計(jì)分析。

白皮書

工作組正在研究一份白皮書:“如何將數(shù)據(jù)管理的公平原則付諸實(shí)踐?”將傳達(dá)給資助機(jī)構(gòu)、全球研究機(jī)構(gòu)(如CGIAR)和其他利益相關(guān)者。

3.4種子表型工作組（SPWG）

目的：SPWG應(yīng)以加強(qiáng)種子表型創(chuàng)新為首要目標(biāo)，切實(shí)加快具體目標(biāo)的進(jìn)展。具體目標(biāo)包括：

1）為IPPN會議提供建設(shè)性的意見，并闡述利用新技術(shù)發(fā)展種子庫和創(chuàng)新農(nóng)業(yè)的好處；

2）在表型數(shù)據(jù)方面促進(jìn)種子庫的數(shù)據(jù)共享和交換，互用性，數(shù)據(jù)使用，數(shù)據(jù)分析和最佳實(shí)踐；

3）通過合作、倡導(dǎo)、研究、開發(fā)和實(shí)施多學(xué)科的資源和機(jī)會，建立一個植物表型支柱模型。

活動：于2017年9月在德國舉辦的“圓桌討論：種子與種質(zhì)表型”，在種子庫和表型技術(shù)社區(qū)中建立起動力和興趣，并與DivSeek GG：基因庫表型進(jìn)行合作。

2018年計(jì)劃

通過各成員和部門的專業(yè)發(fā)展，建立種子庫的表型能力。

第二屆亞太植物表型會議（2018年3月，南京舉辦）

2019年計(jì)劃

繼續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略聯(lián)盟和伙伴關(guān)系，通過聯(lián)合研究和出版物來促進(jìn)種子表型分類，并實(shí)現(xiàn)技術(shù)進(jìn)步的更大影響力。

3.5國際受控環(huán)境植物表型組（I_CEPPG）

目的：I_CEPPG專注于評估在明確的實(shí)驗(yàn)條件下模擬各種現(xiàn)在和未來氣候情景的植物性能特征，并旨在將研究人員聚集在一起，模擬不同受控環(huán)境中運(yùn)行植物表型平臺，研究人員包括植物遺傳學(xué)家，（生態(tài)）生理學(xué)家，發(fā)育生物學(xué)家，農(nóng)藝學(xué)家，氣候研究員，土壤學(xué)家，生物信息學(xué)家和生物學(xué)家，以及與植物發(fā)育、生理過程和氣候情景建模相關(guān)的其他相關(guān)領(lǐng)域的科學(xué)家，傳感技術(shù)開發(fā)者使用設(shè)施或貢獻(xiàn)的概念,技術(shù)和方法開發(fā)。

活動：計(jì)劃于2018年開展新活動。

2018年及以后的計(jì)劃：

I_CEPPG將為I_CEPPG成員和相關(guān)團(tuán)體在受控環(huán)境設(shè)施現(xiàn)場組織一系列的現(xiàn)場座談會：第一屆I_CEPPG座談會將于2018年秋季在I_CEPPG的IPK會議成員間舉行，同時從已成立的工作組如NCERA-101，NCR-101，UKCEUG，GCEUG等邀請嘉賓發(fā)言，旨在與植物栽培大廳中新型表型平臺的開幕共同舉辦。
隨后將會在其他的受控環(huán)境設(shè)施現(xiàn)場進(jìn)行一系列的現(xiàn)場講習(xí)班，包括操作演示和為與會者提供經(jīng)驗(yàn)/培訓(xùn)(在適當(dāng)?shù)那闆r下)。
I_CEPPG將進(jìn)行衛(wèi)星會議活動（例如國際植物表型研討會，國際植物學(xué)大會，PAG會議，植物生物學(xué)國際會議，EPSO / FESPB會議，ASPB會議，氣候變化/農(nóng)業(yè)會議，EUCARPIA會議等），讓更多的植物表型和植物生物學(xué)社區(qū)關(guān)注I_CEPPG及其活動，并使I_CEPPG接觸到更多的社區(qū)。
I_CEPPG將撰寫并出版（在2019年）一份白皮書，作為IPK最初現(xiàn)場研討會的后續(xù)工作，介紹受控環(huán)境植物表型分類平臺和程序的當(dāng)前概念和用途（包括現(xiàn)有計(jì)劃的概況、設(shè)施和能力）以及進(jìn)一步發(fā)展的選擇和要求。本文的執(zhí)行摘要以及有關(guān)I_CEPPG信息的傳單以及I_CEPPG活動（研討會）的公告將通過在國際會議上分發(fā)的方式向投資機(jī)構(gòu)和研究機(jī)構(gòu)提供信息。