LncRNA研究發表的成果五花八門,然而借助于lncRNA芯片,挖掘其中的高通量數據,發表5分影響因子的文章,還是可行的。本研究是以葉酸處理肥胖模型為基礎,讓我們來看看到底怎么樣就可以在《Cellular Physiology and Biochemistry》(IF=5.104)上發表。
研究背景
Folic Acid(FA, 葉酸),在促神經管發育等方面的作用而被廣大備孕青年們使用。然而,除了這方面的用處外,現在的研究也發現,葉酸可以預防肥胖引起的心血管和代謝異常。但是,其中的內在分子機制是什么?本研究就是通過小鼠模型,高脂喂育加葉酸下,小鼠心臟中lncRNA和mRNA的變化分析,解釋了葉酸對胖子們心血管方面的影響。研究結果
1. 模型表型分析
研究人員通過對照組(SD),高脂喂育組(HFD)和葉酸加高脂喂育組(HFDF)模型,比較了12周以后的體重變化。結果顯示,HFD和HFDF組差別不大,但是HFD組比對照SD組顯著增高,糖耐受也增加。此外,HFD組的血漿瘦蛋白相比HFDF組顯著升高。因此,肥胖組,葉酸肥胖組還是存在著表型上的差異。
2. 差異lncRNA和mRNA篩選
為探究葉酸培養肥胖組的內在RNAs表達變化,研究人員利用小鼠lncRNA表達譜芯片(伯豪生物提供),對HFD和HFDF組進行了差異篩選。結果顯示,共有220個lncRNA表達異常(122個上調,98個下調),共有101個mRNA表達異常(88個上調,13個下調)。3. 差異mRNA功能分析
那么,這些差異的100多個mRNA主要參與哪些生物學功能和信號通路呢?GO富集分析顯示,這些基因主要涉及到轉運,細胞發育和代謝過程;pathway富集分析顯示,主要涉及到“細胞因子-細胞因子受體互作”、“破骨細胞分化”、“MAPK 信號通路”、“代謝通路”和“葉酸生成”等,和炎癥,能量代謝和細胞分化相關的信號通路。4. 共表達分析挖掘lncRNA生物學功能
為挖掘異常表達的lncRNA的生物學功能,研究人員分別對HFD組和HFDF組的差異lncRNA與mRNA進行共表達網絡分析,比較兩組之間變化大的RNAs。結果顯示,Dnajb1, Egr2, Hba-a1, NONMMUT033847, NONMMUT070811, NOMMUT015327變化顯著。而這些差異基因的功能,也主要是細胞因子-細胞因子受體互作”、“破骨細胞分化”、“MAPK 信號通路”、“Jak-STAT信號通路”等。因此,這些變化的lncRNA可能是通過影響這些信號通路影響肥胖者的心血管功能。5. QRT-PCR驗證
研究人員最后對上述篩選到的mRNA和lncRNA進行了qRT-PCR驗證。結果顯示,驗證數據和芯片數據高度一致。因此,葉酸可能是通過這些lncRNA和相關基因影響肥胖者的相關生理機能。研究結論
本研究通過一個非常巧妙的實驗設計,深入分析和挖掘了葉酸對于肥胖來說引起的lncRNA和mRNA變化。并通過共表達分析探討lncRNA的潛在生物學功能。該研究條理清晰,簡單明了,是非常不錯的lncRNA研究。