生物顯微鏡與金相顯微鏡的區別主要是在照明方式與物鏡上面：

1、生物顯微鏡用的是透射照明，一般用來觀察透時和半透明的樣本，不能用來觀察不透明物體，而金相顯微鏡主要是落射照明方式，光源從物鏡射出，主要用于觀察不透明樣本的表面，當然也有附帶透射照明裝置的較高級金相顯微鏡，可同時用于觀察透明樣本。

2、從物鏡來看，生物顯微鏡的高倍物鏡都有考慮蓋玻片厚度（0.17）和載玻片、培養器皿厚度（1.2），所以其物鏡是通常標有/0.17（正置顯微鏡）、/1.2（倒置顯微鏡），正置生物顯微鏡10倍以下物鏡則是/-，也就是可以不考慮，這是為了校正玻璃對于光折射的影響，而金相顯微鏡的物鏡通常標有/0。

生物顯微鏡與體視顯微鏡及金相顯微鏡的區別體視顯微鏡也叫做立體顯微鏡，與生物顯微鏡主要區別如下：

一、體視顯微鏡的工作距離較大，通常可以達到50mm甚至150mm；而生物顯微鏡的檢測物體的工作距離范圍很少超過20mm。

二、體視顯微鏡可以放置較高，較厚的物體，如集成電路塊，較大的工件，螺絲，較厚的物體等等，而生物顯微鏡只能放置薄片，載玻片等等。

三、體視顯微鏡景深范圍較大，可達達到10mm的景深范圍，調節聚焦環，相當大的范圍可以看見清晰的圖像；而生物顯微鏡可能稍微轉動調焦環，就看不清楚了。

四、體視顯微鏡可以看見立體的圖像，因為景深范圍較寬的緣故。但是放大倍數較小，一般立體顯微鏡最大倍數最大做到200倍左右；而生物顯微鏡的最大放大倍數一般做到2000倍左右，生物顯微鏡的特性參數正好與體視顯微鏡相反。所以說，體視顯微鏡和生物顯微鏡的適應范圍是不相同的，鏡頭的結構也有所區別。