該技術能夠快速在目標基因組的染色體中確定特異DNA結合蛋白的準確結合位點，ChIP芯片也可以在一個基因組的任何感興趣的區域內尋找染色體的結構改變。

一、ChIP-Chip的用途

（1）在基因組范圍內確定基因轉錄因子的DNA結合位點和其他DNA結合蛋白或蛋白復合體的DNA結合位點。

（2）染色體活性狀態的定量分析。

（3）組蛋白修飾的功能研究。通過用酰基化或甲基化的組蛋白的特異抗體和沒有進行修飾的組蛋白的特異抗體，可以確定與組蛋白修飾有關的結合模式的變化。

（4）聚合酶活性的定量分析。

（5）精煉生物信息方法，用功能數據來確定啟動子的位置。

二、具體實驗原理和實驗步驟

染色質免疫沉淀芯片流程圖

三、GeneChip-TilingArray技術簡介

Affymetrix公司于2006年1月24日宣布推出GeneChip（R）人類和鼠源嵌合芯片（TilingA，ray）系列產品。該系列芯片研究范圍大大超出已知編碼蛋白序列，可以對整個人類和小鼠基因組進行系統的研究。研究人員可以利用這一芯片對轉錄因子和其他蛋白結合結構域進行研究。最近，更有研究人員利用Affymetrix的嵌合芯片在過去認為是垃圾DNA的區域中間找到了許多以前從未發現過的轉錄活性區域。嵌合芯片（TilingArray）是迄今為止分辨率最高的基因芯片類型，其探針設計幾乎涵蓋了目標DNA的全部序列。迄今為止，Affymetrix公司已經開發出了人、小鼠、酵母、線蟲、擬南芥等模式生物的全基因組Tiling芯片，為全基因組規模上研究目的蛋白與核酸的相互作用提供了強有力的分析工具。GeneChip-TilingArray除了全基因組芯片外，還包括了專門應用于ChIP—Chip技術中的人啟動子和小鼠啟動子兩款芯片，探針設計覆蓋了轉錄起始位點附近10kb的范圍，可針對腫瘤相關的1 300個基因，覆蓋范圍更是增加到了12.5kb。

1882年，德國細胞學家弗萊明首次公開發表了細胞有絲分裂現象的觀察結果，他的工作也被看作是科學史上最重要的發現之一。除了對有絲分裂進行描繪以及命名之外，弗萊明還對這一過程中看似起關鍵作用的物質——染色質作了標記。

目前，它是生物學兩個最熱門領域——基因組學和蛋白組學研究關注的焦點。但是，不同之處在于：弗萊明采用的是光學顯微鏡和裝有少量苯胺染色的玻璃瓶對其進行研究，而最新的基因組階段的染色質研究采用的是尖端的技術——染色質免疫沉淀作用測定法（ChIP）。

基因組學和蛋白組學都將把染色質作為研究對象，但兩個領域采用的方法各異。在基因組學研究中，研究人員通常從一個蛋白質開始研究，采用ChIP去找出與基因組關聯的蛋白質。而蛋白組學研究采用的是反向方法，先用一個特殊的DNA序列作為尋找蛋白質的誘餌；然后用ChIP去證實：那些蛋白質就是在體內與DNA序列相關聯的蛋白質。