如何用FFPE組織樣品進行高通量檢測？
福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）的樣品代表了珍貴且來源廣泛的生物醫學研究材料，如何從這些樣品中挖掘出有效的信息呢？上海伯豪生物技術有限公司針對FFPE樣品的高通量分析，建立了整套的SOP 標準解決方案，幫助廣大科研工作者更好的利用FFPE 樣本資源，進行各類高通量組學分析。以下為公司利用微陣列芯片研究FFPE樣品的部分實驗案例和解決。
使用芯片技術研究通常需要使用新鮮的樣本或快速冷凍的樣本，但是世界上大約有數十億份組織樣品保存在醫院或者組織樣品庫中，其中絕大多數是FFPE樣品。如何獲得FFPE 樣本所蘊藏的生物信息，如何利用分子生物學方法對FFPE 樣本進行檢測，進而針對FFPE 樣本進行高通量組學分析就變得越來越重要。
一． FFPE樣本準備、儲存及運輸
樣本質量是確保下游研究應用(微陣列芯片、新一代測序，Real-Time PCR等)中獲得高質量數據的關鍵。 FFPE 樣本質量與樣本固定時間，儲存條件與儲存年限等密切相關。
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注意事項 | |
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樣本固定 |
手術后，組織樣本切成小塊后，一個小時內固定固定時間~24小時，不宜過長。 |
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樣本儲存 |
無切面存儲，避免氧氣、水及其他環境因素如光侵擾（真菌、昆蟲等）的影響， 4℃保存。 |
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樣本實驗前準備 |
20 µm 4-5片，放入1.5mL離心管中，4°C保存，冷凍運輸。 |
二． FFPE樣本的質量控制
采用NanoDrop、Qubit® 2.0和Agilent 2100生物分析儀進行樣品質檢工作。
NanoDropQubit® 2.0 Agilent 2100 生物分析儀
石蠟樣本中提取的mRNA/DNA均為降解，除特殊要求外，只根據mRNA/DNA總量來判斷是否可以進行后續實驗。
下表就針對幾種常見的微陣列芯片類型，推薦了相應的起始材料及最低需求量。
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芯片類型 |
推薦芯片 |
樣品類型 |
最低需求量（µg） |
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表達譜芯片 |
Affymetrix |
Total RNA |
1 |
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miRNA 芯片 |
Agilent |
Total RNA including miRNA |
0.5 |
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aCGH芯片 |
Agilent |
gDNA |
5 |
三． 新鮮凍存樣品與FFPE樣品的高通量檢測對比數據
上海伯豪公司研究人員使用芯片對快速冷凍的樣本以及與之相匹配的相應的FFPE 樣本進行了研究，得到了以下對比數據。
應用 Affymetrix 平臺進行表達譜研究
*使用芯片： Affymetrix Human U133 Plus 2.0
*FF（新鮮凍存，fresh frozen）樣品
應用 Agilent 平臺進行miRNA研究
*使用芯片：Agilent Human miRNA 芯片V16.0
*芯片質控：gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig *﹤15
*gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig：去除背景信號，非質控重復探針中位值變異系數百分比
應用 Agilent 平臺進行CNV研究
四． 新機遇
實驗結果表明，在表達譜芯片的研究中，雖然FFPE樣本有明顯降解，但FFPE組織與新鮮冷凍組織在芯片上的平均檢出率和背景都差不多；在miRNA芯片的研究中，兩種樣品的各項芯片質控指標相當；在CNV芯片的研究中，雖然新鮮冷凍組織的信號表達量較高，但兩種樣品的背景噪音值非常相近。
運用FFPE組織樣品進行高通量檢測，可以對存檔的標本，進行常規分析，從而進行大規模回顧性研究。如需進一步了解該技術，詳見鏈接：
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