基因芯片實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)探討

彼得•杜拉克 (Peter F. Drucker) 的名言「效率是把事情做對(duì)；效用是做對(duì)的事情」，基因芯片 (microarray) 數(shù)據(jù)結(jié)果能否發(fā)揮最大的效用在于一開始是否做了正確的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，依研究目標(biāo)進(jìn)行分析，從中擷取最想看的結(jié)果并厘清疑慮。華聯(lián)生技將介紹基因芯片實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的種類，繼續(xù)為您的實(shí)驗(yàn)扮演最佳效率的角色。 

基因芯片實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)種類

一般而言，基因芯片實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)須針對(duì)基因芯片重復(fù)性及生物性重復(fù)進(jìn)行設(shè)計(jì)。以最佳的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)來說，三重復(fù)的基因芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果是從科學(xué)研究角度最具可信度的，因各種實(shí)驗(yàn)中所使用的試劑、儀器、環(huán)境、人..等各方面皆會(huì)使實(shí)驗(yàn)結(jié)果具有某種程度的量測(cè)不確定度，三重復(fù)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)即是為了降低這些量測(cè)變異。但如因研究經(jīng)費(fèi)之限制或仍在尋找方向，亦可選擇單片或雙重復(fù)，先從茫茫的基因海中尋找出隱約的方向，如果方向是令人興奮的，再考慮投入更多經(jīng)費(fèi)，進(jìn)行更為嚴(yán)謹(jǐn)?shù)亩嘀貜?fù)芯片驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)。

    生物重復(fù)性是指研究人員在收集生物樣品時(shí)，可能因組織位置、個(gè)體差異、實(shí)驗(yàn)環(huán)境偏差…等導(dǎo)致同一條件的生物樣品實(shí)驗(yàn)產(chǎn)生截然不同的結(jié)果。例如研究小鼠的肝臟基因差異，A老鼠與B老鼠即使是以相同條件飼養(yǎng)及用藥，仍會(huì)有先天上的個(gè)體差異，意即A老鼠與B老鼠的肝臟基因表現(xiàn)不會(huì)完全相同；或是細(xì)胞培養(yǎng)的實(shí)驗(yàn)，A盤細(xì)胞與B盤細(xì)胞雖用相同的培養(yǎng)及用藥條件，但可能兩盤細(xì)胞在培養(yǎng)箱的位置不同，例如A盤細(xì)胞比較靠近溫度、CO2、光源…等控制器附近，使得A盤細(xì)胞與B盤細(xì)胞的基因表現(xiàn)有差異。為了確認(rèn)并降低這種個(gè)體差異，應(yīng)進(jìn)行生物重復(fù)性試驗(yàn)，即指多養(yǎng)幾只老鼠或幾盤細(xì)胞，每只老鼠或每盤細(xì)胞皆進(jìn)行一次芯片實(shí)驗(yàn)，最后結(jié)果分析時(shí)只挑選在生物性重復(fù)內(nèi)呈現(xiàn)相同趨勢(shì)的基因。如果生物性重復(fù)的芯片結(jié)果差異太大，可能代表有不知名的因素干擾個(gè)體老鼠或細(xì)胞的生理或心理環(huán)境，需重新檢查實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，并另做一次生物性重復(fù)實(shí)驗(yàn)。

    華聯(lián)生技針對(duì)常見的實(shí)驗(yàn)型態(tài)，將實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與分析歸成六大種 ，

以上六種常見基因芯片實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)詳述如下

A1 & A2 為成對(duì)樣品的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)， A1 & A2 .pdf
B & C 為多樣品實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，B & C .pdf
D & E 為單因子影響及多因子交互作，D & E .pdf

一次的芯片實(shí)驗(yàn)往往可以得到數(shù)以百筆的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，若沒有一開始就把實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)好，很容易就會(huì)迷失在數(shù)據(jù)海中，造成時(shí)間與經(jīng)費(fèi)上的耗損卻得不到好的結(jié)果。華聯(lián)樂意與您分享超過十年的芯片實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)經(jīng)驗(yàn)，若有任何跟芯片實(shí)驗(yàn)相關(guān)的疑問，都?xì)g迎與華聯(lián)聯(lián)絡(luò)喲。