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全新MagNA Pure 96核酸系統(tǒng)-兼顧快速和高產的解決方案

瀏覽次數(shù):5123 發(fā)布日期:2010-2-3  來源:羅氏
Michael Kirchgesser*, Agnes Aschenbrenner, Irene Huber, Sarah Müller, Heike Girgnhuber, Hubert Schuldlos, Anna Werner, Werner Malmberg, Robert Steiner, Martin Victor, Thomas Kirschbaum, Claudia Kappelsberger, Michael Knoll, and Peter Wenzig

德國匹茨堡,羅氏應用科學部
*
通訊作者: michael.kirchgesser@roche.com

前言
MagNA Pure 96是最近進入市場的一種全新儀器:它是一種全自動、超高速的系統(tǒng),它能用于將高質量核酸從各種樣品類型中高速分離,1小時以內即可完成多至96個樣本的自動純化,處理的樣品容量最高達到1 ml。該系統(tǒng)采用裝有預裝式即用型試劑的優(yōu)化試劑盒,并配有相應的自動分離方法。 這種試劑盒的配置基于沿用已久的磁珠技術,后者成功用于不同的MagNA Pure系統(tǒng)已有多年。MagNA Pure 96試劑盒由配有不同預裝式密封緩沖液容器的試劑盤和含磁粉的專用瓶組成。

可提供的所有試劑盒都有小容量(SV)和大容量(LV)的不同規(guī)格,可根據(jù)要處理的樣品量決定。 本文描述了2MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒及其方法的特征和性能。

材料和方法
新的試劑盒及方法是用人EDTA血漿、枸櫞酸鹽血漿、血清和全血以及培養(yǎng)細胞(K562HeLa)作為樣品材料開發(fā)和測試的。
全血不需要經過預處理即可用于基因組DNA分離。 培養(yǎng)細胞小球在使用前要懸浮于PBS中。

在病毒核酸分離時,使用前在樣品中添加不同量的DNA病毒(巨細胞病毒、EB病毒、細小病毒B19)和RNA病毒(甲型肝炎病毒、甲型H1N1流感病毒)。然后用移液管將樣品移入MagNA Pure 96儀器上的MagNA Pure 96處理盒中。所有樣品至少以8倍復制進行試驗。 根據(jù)實驗需要,純化核酸的洗脫體積被設定為50μl100μl200μl。在LightCycler® 480儀器上采用吸光度(OD)測定、瓊脂糖凝膠電泳和/或參數(shù)特定的定量實時PCRRT-PCR分析對洗脫液進行分析。采用15μl各自混合母液和5μl各自洗脫液建立擴增反應,運行45個循環(huán)。

結果和討論
一般特征
試劑盒的組成:排列在試劑盤中的預裝式試劑容器,便于加載;分開放置、含磁珠(MGP)懸液的瓶子(圖1)。試劑盤和瓶子都在運行前放入儀器抽屜中各自的位置。使用后容器可以方便地重新密封,并保存以待必要時進行后續(xù)的運行。MGP瓶具有特殊的瓶蓋,可以在儀器的針穿過后自動重新密封。所有組件在室溫下都能保持穩(wěn)定。

MagNA Pure 96 DNA
和病毒核酸小容量規(guī)格用于從200μl全血,或從5×105個培養(yǎng)細胞中分離基因組DNA。 它還可以從200μl血漿、血清或全血中分離病毒DNARNA。試劑盒包括3個預裝式試劑容器,每個容器最多可進行192次反應(即每個試劑盒進行576次純化)。

MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒大容量規(guī)格用于從500μl1000μl全血或從106個培養(yǎng)細胞中分離基因組DNA。 它能從500μl血漿、血清或全血,
或從
1000μl血漿或血清中分離病毒DNARNA。試劑盒包括3個預裝式試劑        1:試劑盒組件。
容器, 每個容器最多可進行96次反應(500μl)或48次反應(1000μl
(即每個試劑盒分別進行288144次純化)。  

如果需要的話,試劑盒可用于不同的優(yōu)化方法,包括外部溶解方法可供選用,從而允許在MagNA Pure 96儀器外進行病毒滅活。對于所有方法,核酸從不同容量的樣品中都可以方便地洗脫,樣品的不同容量可以由用戶選擇。

基因組DNA
基因組DNA的分離及其后續(xù)分析顯示可重復性、產量、完整度和純度都很高。根據(jù)瓊脂糖凝膠分析,DNA片段平均顯著大于20 kb(圖2)。



2: 對血液中分離的
DNA的瓊脂糖凝膠(顯示20個復本)。 21 kb位置的DNA帶顯示了分離DNA的高完整度。 (M=分子量標記III

     
1總結了典型的DNA產率和純度。請注意產率顯著依賴于血細胞數(shù),因此變化可能達到2倍。 

1:典型的DNA產量和純度

樣品類型

樣品量

DNA產量 (μg

DNA純度 (OD260/280

試劑盒類型

培養(yǎng)細胞

培養(yǎng)細胞

200 μl

500 μl

5 x 105

1 x 106

6.6 μg

16.5 μg

10.4 μg

22.0 μg

1.9

2.0

2.0

2.0

SV

LV

SV

LV

LightCycler® 480儀器中進行的PCR之前的稀釋實驗所示(數(shù)據(jù)未顯示),DNA也被證明不含PCR抑制劑。用不同量的血液與樣品檢測了該程序的可量測性。結果見圖3
                                





3: 可量測性。
 從不同量血液中分離的DNA的瓊脂糖凝膠分析顯示純化法的可量測性良好。



病毒核酸
線性范圍
達到了純化病毒DNARNA的高產率。從較寬的濃度范圍分離病毒核酸是可能的(圖4)。





4: 線性范圍。
每份樣品中加樣濃度為10-106拷貝的Epstein-Barr病毒(EBVDNA和甲型肝炎病毒RNA的分離。





內部質控和可重復性
MagNA Pure 96系統(tǒng)能在每次分離反應中都包括一次內部質控(IC)。 IC從機載IC管中自動移入每個孔中的溶解緩沖液中。在一次純化操作的所有96個孔中,采用稀釋的細小病毒B19質粒作為IC,陰性血清作為樣品材料來檢查該功能。 IC的分離具有很高的可重復性(圖5)。





圖5: 內部質控品。
從所處理樣品盒的所
96個孔中分離出的細小病毒B19內部質
控品的
PCR分析。

 



交叉污染試驗
進行這些試驗是為了考查MagNA Pure 96儀器上可能孔間污染的程度。 細小病毒B19被選作這些試驗的敏感參數(shù);檢測極限大約為每次PCR 2.5個拷貝。 然后以5×107拷貝/ml=檢測極限以上106倍)向血漿加樣,用大容量方法(500μl樣品)和50μl洗脫體積在MagNA Pure 96儀器處理。

進行3棋盤式運行(每次有48份陽性加樣血漿樣品和48份陰性未加樣血漿樣品排列成棋盤狀)。 在LightCycler® 480儀器上對洗脫液進行分析。 在這些條件下未發(fā)現(xiàn)交叉污染(圖6)。
 




6 交叉污染試驗。48份陽性和48份陰性樣品排列成棋盤狀,經過處理,進行交叉污染分析。所有陰性樣品鑒定結果均為陰性,而所有陽性樣品和所有質控品都顯示了預期的信號。 該試驗重復了3次,均得到相同的結果。




血漿用通用方法
在方法優(yōu)化期間發(fā)現(xiàn),有些樣品材料(即:血清、全血和枸櫞酸鹽血漿)在與標準材料EDTA血漿不同的工作流程下能得到更好的結果。因此,在血漿用操作方法之外,還提供另一種通用操作方法,后者能使這些樣品類型得到更好的結果(達到5個交叉閾值)。 選用通用操作方法這個名稱是因為這些方法對于血清、全血和枸櫞酸鹽血漿,優(yōu)于血漿用操作方法;而對于EDTA血漿,至少對所檢測的病毒(甲型肝炎病毒、甲型H1N1流感、EB病毒、巨細胞病毒)是與血漿用操作方法相等的。 由于結果可能隨個別實驗設備和所檢測參數(shù)的不同而變化,因此在儀器的方法菜單中提供不同的方法供選擇,使用戶能選擇對實際應用的最佳解決方案。

結論
新的MagNA Pure 96 DNA和病毒核酸試劑盒能從多種樣品材料中全自動高效分離DNA和病毒核酸,具有高速和高產率。用戶可以根據(jù)特殊需要在幾個不同方法間作出選擇。此外,該試劑盒所能用處理的樣品容量范圍也很大。因此,對于檢測工作量大的實驗室來說,新的試劑盒將成為有用的工具。
 

產品

包裝大小

編號

MagNA Pure 96高通量全自動核酸分離純化系統(tǒng)


MagNA Pure 96 DNA
和病毒核酸小容量試劑盒

MagNA Pure 96 DNA
和病毒核酸大容量試劑盒

MagNA Pure 96
細胞RNA小容量試劑盒

MagNA Pure 96細胞RNA大容量試劑盒

儀器、質控品、軟件、所有配件

3×192
次純化

3×96次純化

3×192次純化

3×96
次純化

05 195 322 001

05 467 497 001

05 467 454 001

05 467 543 001

05 467 535 001

發(fā)布者:羅氏診斷產品(上海)有限公司
聯(lián)系電話:800-820-8864 400-820-8864
E-mail:china.lifescience@roche.com

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