1 芯片實驗和定量PCR的優劣比較?
　　基因表達譜芯片實驗可以對大量基因一次性進行定量研究,定量PCR則對大量基因需逐一進行定量研究。
2 在芯片制作過程中的PCR原液是否可以為客戶保存?
　　可以抽干冷凍保存一年。
3 可否用DNA和芯片雜交?
　　不可以，因為芯片上的樣品是cDNA而真核基因DNA中普遍存在內顯子，核酸雜交無法順利進行。
4 對于臨床癥狀不明顯的的遺傳病,如何取樣?
　　可以從病人抽取血樣或者骨髓。
5 如何保存血樣?
　　將血樣中血細胞分離出來，然后-80℃低溫保存。
6 脫落細胞是否都是死亡的細胞, 其中是否可以抽提mRNA?
　　不完全是死亡的細胞, 但是mRNA的含量比較少, 建議最好用正常細胞抽提mRNA。
7 完成一張芯片的實驗,需要的細胞的量是多少?
　　需要5×106的細胞量
8 提供的電泳圖和OD值如何評價mRNA的質量？
　　電泳圖可以分析mRNA和總RNA是否降解, OD值可以判斷純度。
9 是否可以將同一癥狀的病例混合后抽提,看共性表達?
　　可以。

10 芯片是否可以重復使用?
　　不可以。
11 雜交后的芯片如何保存?
　　避光常溫保存幾個星期。
12 在實驗前期,如何定參照物?
　　根據實驗設計來確定使用共同參照物還是各自的參照物。
13 如何消除基因芯片實驗中的個體差異？
　　可以使用同一樣品重復芯片實驗,取其共性,獲得可靠的數據結果。
14 芯片在雜交過程中為什么會發生非特異性雜交, 如何降低?
　　這是由于DNA堿基錯配造成, 提高芯片雜交后洗脫液的溫度可以降低非特異性雜交。
15 芯片上基因cDNA是從什么組織中取得的?
　　芯片上基因cDNA來源于美國I.M.A.G.E.項目，是從人的各種組織中分離確定的，并且每個基因cDNA具有明確功能定義的，與其它基因不相重復的。

16 芯片上有多少條有效基因?
　　目前芯片上的有效基因數目最多有7500條，每條基因都有明確的功能定義，不相重復。
17 基因表達譜芯片是如何進行分類的?
　　基因表達譜芯片是根據芯片的用途來分類的，每種芯片上包括與特定用途相關的基因。
18表達譜芯片是否可以按照器官來進行分類?
　　不可以。
19 基因芯片的假陽性率是多少?
　　一般控制在1%---2%。
20 芯片制作中如何控制芯片的質量
　　控制芯片的質量主要要以下幾個方面, 玻片的選擇, 點樣的規范, 固定率, 芯片的背景,有效的避免融點等。
21 實驗結果中的熒光信號散點圖有何意義?
　　可以-直觀反映雜交后的差異表達與正常表達的比率, 顯示相關度和實驗結果的好壞。
21 掃描背景不清楚會對實驗結果產生什么影響?
　　會導致實驗結果混亂,而導致實驗失敗, 如果是雜質污染等原因造成,可以通過洗片解決, 如果是mRNA不純,則需要重新抽提。
22 實驗失敗有幾種原因?
　　mRNA的降解, MRNA的純度差, 反轉錄酶失敗, 標記效率低, CY3容易見光降解。
23 得到實驗的結果后, 可以進行那些研究的工作?
　　可以通過基因的差異表達, 尋找目標基因, 進行聚類分析, 對差異基因進行進一步的功能研究。