PROTAC技術(PROteolysis TArgeting Chimera)是近年來藥物研發(fā)的新興領域之一。PROTAC分子一端是靶蛋白配體，另一端是E3泛素連接酶配體，中間通過連接子（linker）連接。通過構建三元復合物（Ternary Complex），PROTAC將靶蛋白與E3泛素連接酶結合，從而實現(xiàn)靶蛋白的選擇性降解。PROTAC是靶向蛋白降解（TPD，Targeted Protein Degradation）的重要策略之一，目前全球多家制藥企業(yè)（如Arvinas公司）正在積極推進PROTAC藥物研發(fā)，多個候選藥物已進入臨床試驗階段。

在PROTAC的計算機模擬方面，合理的分子設計與優(yōu)化對于提高降解效率至關重要。計算模擬能夠在早期階段幫助篩選潛在的PROTAC分子，模擬三元復合體的結合模式并評價結合打分，減少實驗篩選的時間和成本。加拿大化學計算集團（Chemcial Computing Group，CCG）在2019年和2020年連續(xù)發(fā)表兩篇文章，介紹使用MOE（Molecular Operating Environment）軟件進行PROTAC的三元復合物建模方法，并持續(xù)優(yōu)化算法，以提高模擬精度^[1,2]。

使用MOE PROTAC工具方法4B模擬的PROTAC三元復合物結構

當前，MOE實現(xiàn)了6種建模策略。其中，方法4B能夠有效模擬不同Linker對形成三元復合體的影響，為PROTAC的理性設計提供有力支持。此外，MOE近期還開發(fā)了partialPROTAC Screening Tools，提供一系列預構建的Linker構象集合，支持用戶快速篩選合適長度的PROTAC連接子。

PROTAC建模方法4B

為了更好地介紹MOE在PROTAC研究中的應用，我們將于3月27日下午3點舉辦在線講座，介紹MOE在PROTAC研究中的模擬方法，篩選工具與實際應用。

講座時間：3月27日（周四）15:00-16:00
本次講座將涵蓋以下內容：
| PROTAC的計算機建模方法介紹；
| MOE針對PROTAC三元復合物的最新建模工具和優(yōu)化策略；
| 通過MOE進行PROTAC分子篩選的案例分享。

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參考文獻
[1] Drummond, M.L.; Williams, C.I. In Silico Modeling of PROTAC-Mediated Ternary Complexes: Validation and Application. J. Chem. Inf. Model. 2019, 59, 1634-1644; https://doi.org/10.1021/acs.jcim.8b00872

[2] Drummond, M. L.; Henry, A.; Li, H.; and Williams, C. I. Improved Accuracy for Modeling PROTAC-Mediated Ternary Complex Formation and Targeted Protein Degradation via New In Silico Methodologies. J. Chem. Inf. Model. 2020, 60, 5234-5254; https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00897