當微生物的存在首次在18世紀的顯微鏡下被發現時,很少有人可以想象他們在地球上無所不在。現如今,甚至可以毫不夸張的說,微生物在操縱整個世界。它們隨處可見,包括在最惡劣,最荒涼的環境中,它們參與物理環境和有機生物圈的調節。微生物對人類健康和疾病的重要性在最近幾十年也變得十分明顯。
宏基因組學是當下廣為認可的微生物組研究手段,對于宏基因組研究過程中建庫及質控的關鍵一般大家都了然于心,而往往忽略了好的開始是成功的一半。那么在整個研究過程中樣本制備環節有哪些關鍵成功要素?
有效的裂解對核酸產量和微生物多樣性表現至關重要。經研究[1]發現,珠磨研磨裂解法可實現對不同特性樣本的無差異化裂解,更適合于微生物組樣本中核酸的徹底釋放。PowerSoil Pro系列試劑盒,采用的PowerBead Pro tube裂解管包含合適粒徑的氧化鋯研磨珠,無懼難裂微生物,有效實現等效裂解。
困擾土壤樣本DNA提取的另一大問題是其高含量的腐殖酸。腐殖酸與核酸一樣都是大分子親水性陰離子聚合物,很容易在最后步驟和核酸一起被抽提出來。PowerSoil Pro系列試劑盒采用升級抑制劑去除專利技術IRT (Inhibitor Removal Technology),無需在純化過程中反復洗滌,室溫操作混合后離心1分鐘即可徹底去除所有PCR抑制劑。
熟悉QIAGEN的同學都知道上面提到的PowerSoil Pro系列試劑盒是Q家專為微生物組學研究開發的核酸提取明星產品。單個樣本提取只需短短20分鐘,獲得的核酸相比其他提取方法在下游NGS結果中可獲得更高的alpha diversity。美中不足的是,對于一次需要處理幾十甚至上百樣本時較為費時費力。
DNeasy 96 PowerSoil Pro Kit的適時出現恰好解決了這個問題。DNeasy 96 PowerSoil Pro Kit含96孔板式硅膠模離心柱,配合離心機或QIAvac96真空底座可以一次手工純化高達96個堆肥,粘土,表層土壤及糞便和腸道樣本。
作為PowerSoil Pro家族新成員,DNeasy 96 PowerSoil Pro Kit秉承了Pro家族一貫優點:PowerBead Pro Plate 裂解板一次可同時完成96個土壤或糞便樣本的高效裂解,高通量的同時確保實現等效裂解,相比其他裂解方法可獲得更高產量。
配備升級抑制劑去除專利技術IRT試劑,無需更換純化柱也無需反復洗滌,加入專利試劑后混合離心1分鐘徹底去除96個樣本中的抑制劑。實驗表明,該試劑盒純化表現與DNeasy PowerSoil Pro Kit一致。
得益于對樣本中所有微生物包括真菌的等效裂解以及PCR抑制劑徹底去除,經DNeasy 96 PowerSoil Pro Kit純化所得NGS下游實驗結果可獲得更高的alpha diversity且符合真實微生物比例。
為慶祝PowerSoil Pro家族新成員的加入,即日起至10月30日,點擊申請試用填寫試用申請即有機會免費體驗PowerSoil Pro系列試劑盒給您的微生物組學研究實驗帶來的革命性變化。
參考文獻:
[1] Paul I Costea, Georg Zeller, et.al. Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies. Nature Biotechnology volume 35 number 11 Nov. 2017
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