10月16日之前 |
10月16日之后 |
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第一天全天 |
基于微流控技術的單細胞分析 |
微流控技術與單細胞分析概述
基于微流控技術的單細胞樣品制備(稀有細胞微流控分選、 單細胞捕獲與分析、微芯片式細胞培養)
單細胞的微流控檢測(基于親和反應、基于細胞物理特性) 與分析技術
微流控細胞分析技術在生物醫學(腫瘤早期檢測、其他領域)
中的應用 |
理論 |
第二天上午 |
單細胞測序技術與應用 |
單細胞組學技術發展歷程和原理介紹。
單細胞測序技術在科研領域的應用。
近年單細胞方向高分文章思路解析。
單細胞組學和多組學整合分析思路和案例介紹。 |
理論 |
第二天下午 |
Linux 及 R 語言入門與實操 |
常規基礎 Linux 命令入門講解及實操訓練。
R 語言簡介及安裝,RStudio 的安裝及使用說明。
R 語言語法介紹及常用命令。
數據處理功能及統計應用。
R 語言畫圖實操。 |
實操 |
第三天上午 |
單細胞轉錄組數據分析思路及流程 |
單細胞實驗處理、建庫及測序。
單細胞轉錄組比對、定量、分群及擬時間分析等分析思路。
單細胞轉錄組轉錄因子及功能通路解析。
單細胞組學技術在癌癥、發育、免疫及在植物、微生物等領 域的研究內容及思路。 |
理論 |
第三天下午 |
單細胞轉錄組數據分析實操 |
常規單細胞組學數據比對。
10X 官方單細胞軟件Cellranger 講解及實操。
從基因表達矩陣開始到marker 基因篩選全過程講解及實操。
通過 Seurat 軟件進行PCA 及tSNE 降維。
單細胞轉錄組細胞鑒定及聚類分析。
通過 Seurat 及GSVA 等進行單細胞轉錄組差異分析。 |
實操 |
第四天上午 |
多組學整合分析和結果解讀 |
轉錄組,基因組,表觀分析介紹。
RNA 和 ATAC-seq 等多組學整合分析。
常規 10X 單細胞 ATAC 數據測序原理簡介、分析流程介紹。
單細胞免疫組庫測序技術及應用。
組學分析常用數據庫介紹及使用。 |
理論 |
第四天下午 |
單細胞轉錄組軌跡、通路、轉錄因子等分析及繪圖實操 |
通過 Monocle 軟件進行單細胞轉錄組擬時間分析。
通過 DAVID 及 metascape 網站進行通路富集分析。
通過 SCENIC 軟件進行轉錄因子預測分析。
tSNE,小提琴圖,熱圖,網絡圖,GO、KEGG 富集圖,GSEA 等圖形繪制。 |
實操 |