【干貨分享】昊諾斯第十期“組織研磨和樣品處理分享、討論”

這一期我們有幸請到了昊諾斯老用戶呂博士,給大家做實驗室樣品處理分享。
呂博士實驗經驗豐富,在樣品處理方面有很多心得,在本期的組織研磨和樣品處理分享、討論中給大家帶來了非常精彩的分享,并受到了大家的一致贊賞,其他老師們也都熱情高漲,積極參與組織研磨和樣品處理分享、討論。
那接下來,就讓我們一看究竟吧!
昊諾斯嘉賓:怎么分享呢?就是用那個組織研磨儀,DNA、RNA都做過,感覺整體效率肯定是上去了,質量也不錯吧,大家有啥問題,提問,然后我來針對性地說一下我的使用感受吧。
昊諾斯嘉賓:簡單說來,就是一個2ml離心管里面,放大小兩個鋼珠,然后把樣放進去,根據樣的情況決定是否剪碎,然后放到液氮里面凍到不起泡,小心放到組織研磨儀帶的槽子里面,盡量對稱,然后打磨1-2min,根據樣的情況,決定是否再次在液氮里面凍,然后是否再次打樣。
用戶:提取RNA用的是什么產品?
昊諾斯嘉賓:什么意思?
用戶:用Trizol還是商業化試劑盒?
昊諾斯嘉賓:就是三無的好一點的離心管,然后Trizol,鋼珠用全新的,然后在無水乙醇里面泡,然后150度烘箱1-2小時,RNA稍微小心點,我們的效果還是不錯的,沒有想象中的那么難弄。一般我們RNA提取加純化差不多一次40-80個樣吧,除了前面鋼珠和離心管要求高點,其他的和DNA差不多。
用戶:呂老師您主要做的是什么樣品呢?
昊諾斯嘉賓:我們做植物,小麥。小麥嫩葉不用剪,直接一段放進去就可以,地里采集的老葉子盡量能夠剪一下。
用戶:不用液氮可以不?
昊諾斯嘉賓:老葉子纖維比較多且粗壯,不用液氮貌似不行吧,目前我還不清楚不用液氮的方法。如果不用液氮估計會被組織研磨儀打磨成樣泥……,這個可以咨詢下鼎昊源的技術。
用戶:液氮效果好。
昊諾斯嘉賓:還有自動凝膠染色的問題我也可以和大家分享,尤其是RNA,用液氮可以盡量防止RNase的作用,或許也可以Trizol加進去,不用液氮也可以吧,不過我沒那么做過。
用戶:液氮升華水分。
昊諾斯嘉賓:關于鋼珠的問題,我個人感覺一大一小最好,兩個大的如果轉數調整不當,管子質量不好容易把管子打裂。
用戶:我想問下大家是用液氮凍下,組織研磨儀研磨后的研磨粉末再浸提嗎?
昊諾斯嘉賓:我的程序是DNA,管子先放鋼珠,然后放樣,然后蓋蓋,然后液氮凍,然后快速拿出放到槽子里,打樣,根據樣的情況和自己設定的轉速第一次打磨時間可以決定是否進行再次凍再次打。個人建議一批樣品凍兩次打兩次,每次差不多1min半,我們小麥老葉子效果不錯,就是轉槽子的內徑里面的個別樣可能打的不好,畢竟應該是里面離心力小點,然后挑出來再次打樣就OK了。
昊諾斯嘉賓:大家都還有啥問題,互相交流下……
用戶:打老葉子的時候您組織研磨儀一般調多大的轉速呢?
昊諾斯嘉賓:組織研磨儀轉速1500吧,這個還要根據管子的質量來。
用戶:管子質量好點的可以提升組織研磨儀轉速是嗎?
昊諾斯嘉賓:DNA用的韌性好的一般的管子,組織研磨儀轉速高,RNA用的韌性稍微差點的三無管子,組織研磨儀轉數低,組織研磨儀轉數和時間應該在一定程度上成反比吧,還有鋼珠的大小,兩個小鋼珠時間長,組織研磨儀轉數可以適當提高,兩個大鋼珠所需時間短,組織研磨儀轉速不要太高,一般我RNA應該是QSP的管子,不知道哪個批次,組織研磨儀用的是1000轉吧。
昊諾斯嘉賓:有一次組織研磨儀用轉速高了打裂了,樣廢了,之后組織研磨儀就不敢用高轉速了,寧愿延長點時間。
昊諾斯嘉賓:對啦,我不是老師哈,現在博士在讀……大家互相交流。
昊諾斯嘉賓:我們的組織研磨儀買了好幾年了,不知道現在的有沒有控溫的,如果有控溫的組織研磨儀效果應該會更好。
用戶:我們實驗室有個新的組織研磨儀,管子沒有配套,還沒有使用,植物用手磨。
昊諾斯嘉賓:無所謂吧,我們的管子就是用普通2ml的EP管呀。
用戶:控溫的組織研磨儀最低達多少度?
昊諾斯嘉賓:控溫的組織研磨儀也不可能達到液氮的溫度吧,我的意思是如果有個控溫的組織研磨儀,能夠保持在0度以下就好,然后這樣一次就可以打樣時間長點。
用戶:是的。
用戶:嗯,確實不錯,我上次做的感覺有抑制劑,PCR效果不行。
用戶:組織研磨儀周圍放上冰袋,是不是能適度降降溫?
用戶:是因為常溫研磨的不?
用戶:植物葉片相對好研磨。
用戶:見過吹液氮冷卻的,能達到-20/30。
用戶:冰浴。
昊諾斯嘉賓:動物組織適當剪碎。
昊諾斯:控溫功能的組織研磨儀機型正在研制中,等出來了給你試用,怎么樣呂老師。
用戶:溫度過低的話對組織研磨儀不會有影響么?
昊諾斯嘉賓:肯定會。
用戶:有這個必要。
昊諾斯嘉賓:所以我建議組織研磨儀溫度能夠控制在0度之下即可。
用戶:溫度對效果的影響還是很大的。
昊諾斯嘉賓:畢竟金屬在很低溫度下應該相對強度會降低吧。
用戶:我們是用冰袋。
用戶:嗯,我們實驗室一般也都用冰袋降溫。
用戶:固體二氧化碳更好吧。
用戶:成本高點。
昊諾斯嘉賓:液氮凍過,然后一次打樣時間不要太長,讓樣品處于沒有溶的狀態效果也可以呀。
昊諾斯嘉賓:之所以說控溫,是嫌重復在液氮中凍麻煩,目前我們做實驗還沒有影響效果的。
用戶:液氮一定要干嘛, 液氮凍的不能有液體,樣品沒有溶。
昊諾斯嘉賓:溫控應該能夠提高打樣效率。
用戶:干冰沒用過,話說干冰是不是很貴?
昊諾斯嘉賓:最遲樣品不要有水。
用戶:有液體也升華了。
昊諾斯嘉賓:你是什么樣品呢?有液體會凍住,然后很難打好,經驗是這樣。
用戶:植物葉片。
昊諾斯嘉賓:如果里面有液氮沒關系。
用戶:嗯,樣品要清洗。
昊諾斯嘉賓:不要有水,樣品也不要堆地太緊。
昊諾斯嘉賓:我們有時樣品先放在-80,取出剪樣的時候會有一點水,但是好像沒影響效果吧。
用戶:是專門的液氮罐里存放嗎?
昊諾斯嘉賓:沒有呀,直接放到-80冰箱里了。
用戶:我們冰箱一般只設18零下。
昊諾斯嘉賓:有專門的-80冰箱,普通冰箱是-20吧,具體這個我也不是很清楚。
用戶:您一般是提取小麥葉片酶嗎?
昊諾斯嘉賓:DNA、RNA。
用戶:什么是剪樣?
用戶:葉片用剪刀剪碎。
昊諾斯嘉賓:比如小麥葉片,稍微剪碎一下。
用戶:哦,是這樣的啊。
用戶:如果沒在-80存放會不會影響植物DNA提取,就是樣品吧。
用戶:可不可以用普通的粉碎機先粉碎啊?
用戶:植物DNA提取需要新鮮樣嗎?
用戶:我覺得如果是提dna應該問題不大,但如果是提rna就必須用液氮。
用戶:樣品多的話粉碎,不多就剪下就好。
用戶:但如果是提取rna的話,普通研磨儀可以嗎?
昊諾斯嘉賓:可以呀,反正我的是這樣。
用戶:rna提取條件更為嚴格?
用戶:dna和rna的提取有什么不同嗎?
昊諾斯嘉賓:RNA操作要嚴格些。
用戶:rna酶存在較多,rna易降解。
用戶:需要查下資料看看怎么提取,我們目前提取一些酶。
用戶:所以我們一般rna提取時樣品都要用液氮。
用戶:保證酶不失活?
用戶:對。
用戶:而且二者會不會產生干擾啊?
用戶:這里吐槽一下:每次從-80冰箱里找樣本都得在一大堆東西里翻半天,#公用設施的天然缺點#。
用戶:實驗室的管理,人多嘛用的東西多,有時自己需要的也要找好久。
用戶:總有人不按套路來。
用戶:這也正常,大家互相監督理解。
用戶:每打一次樣品是不是換鋼珠或清洗,大批量的植物研磨呂老師有什么建議嗎?
昊諾斯嘉賓:我們實驗室每次提RNA用新鋼珠,DNA鋼珠重復用,用稀乙酸先洗一遍,然后用無水乙醇一泡,然后晾干……DNA我們每次最少都是2.300個,最多一天三個人提過大于800吧,RNA一般一天提幾十個吧,包括純化,一般一個人或者兩個人,RNA盡量各個環節都少點引入污染的可能。
用戶:感謝分享!
昊諾斯:謝謝呂博士!
用戶:謝謝!
用戶:謝謝分享!
最后,再次感謝昊諾斯特邀嘉賓呂博士的精彩分享,讓大家都頗有收獲。讓我們共同期待第十一期“組織研磨和樣品處理分享、討論”活動吧!下期,我們不見不散!
溫馨提示:
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